W Ewangelii wymieniany 7 razy (łącznie 13 wierszy). Wg tradycji nosił przydomek "niewierny" - uwierzył w Zmartwychwstanie Chrystusa dopiero, gdy dotknął jego ran, wyznając Pan mój i Bóg mój. Podczas misji w płd. Indiach miał pobudować tamże wiele wspaniałych budowli. Zginął jako męczennik przeszyty włócznią w Kalaminie koło Madrasu, tam został pochowany. Jego relikwie znajdują się obecnie w katedrze w Ortonie (Włochy) i m.in. w Zamościu - Relikwie kolegiackie. Wystarał się o nie Jan Zamoyski za pośrednictwem kardynała  Posevino. Jest również patronem Indii, Portugalii, Urbino, Parmy, Rygi, a także architektów i budowniczych. Zachodzą tu paralele między włóczniami zadającymi śmierć apostołowi i tymi z herbu Jelit.
Imię świętego nosił protoplasta rodu Zamoyskich Tomasz z Łaźnina (osobne hasło). Jak wspominał Vanozzi - powiedział mi p. kanclerz, cały dom jego do tego świętego ma szczególne nabożeństwo. Założyciel miasta propagował jego kult - dzięki niemu znalazł się w herbie Zamościa (do 1950 w pieczęci miasta - zastąpiony godłem państwa). Patron architektów stał się za razem patronem miasta o wybitnej architekturze. Jego wizerunek widnieje także na Bramie Lwowskiej Starej, zw. też Tomaszowską (rzeźba), oraz w Katedrze - 4 obrazy w prezbiterium przedstawiające dzieje św. Tomasza Apostoła, obraz w ołtarzu gł. i rzeźba na cyborium oraz scena z kielicha. Jego figura była też w kapliczce przy ul. Akademickiej. W 2003 Muzeum Zamojskie zorganizowano wystawę Św. Tomasz, patron Zamościa, Kolegiaty, Ordynacji i Domu Zamoyskich.