27 III 1581 rozpoczęto budowę pierwszej szkoły przy kościele św. Krzyża (z końcem roku przeniesiona z przedmieścia do domu odstąpionego przez Topornickiego). Prowadzona była przez znanego pisarza religijnego ks. Jana Herbesta, który po roku w VI 1582 wyjechał do Szwecji. Pisał do Zamoyskiego - Do szkoły nam przybywać poczęło od szlachty, czego się tym więcej spodziewamy, gdy w mieście mieszkać będziemy. Od 1584 była to już szkoła parafialna w przywileju kolegiaty z 20 VIII 1584  określana jako szkoła przy św. Krzyżu z mianowanym przez przewodniczącego kapituły w porozumieniu z radą miejską nauczycielem z pensją 20 marek srebra rocznie (miał  pilnować aby m.in. pilnie przestrzegano wykładu katechizmu). Uczniowie mieli codziennie śpiewać w kościele.
W IV 1589 otwarta została z inicjatywy Zamoyskiego ambitna placówka, która faktycznie miała częściowo charakter szkoły średniej (gimnazjum klasyczne z 2 bakałarzami dla elementarzów czyli początków nauk) będąca zalążkiem przyszłej Akademii Zamojskiej. Jej kierownikiem, w dokumentach superintendentem, został poeta, mieszczanin lubelski Sebastian Klonowica, uczył przedmiotów humanistycznych. Po jego wyjeździe do Lublina w 1592 szkoła zawiesiła  działalność.
W 1621 Tomasz Zamoyski założył przy Akademii i uposażył wyższą szkołę elementarną. Pod opieką Akademii, przez cały czas czynna była również przy kolegiacie szkoła parafialna. Od początku istniała też żydowska szkoła przy bożnicy. Przez pewien czas działało seminarium duchowne oraz studium filozoficzne przy bazylianach.
W czasach austriackich w miejsce skasowanej akademii utworzono liceum cesarsko-królewskie, a także gimnazjum cesarsko-królewskie. Była szkoła początkowa t.zw. główna, wyżej zorganizowaną, 4-klasową z kierownikiem, duchownym nauczycielem religii, 2 nauczycieli i pomocnik do przedmiotów świeckich (1804: elementarna - 50, I - 66, II - 110, III - 71) oraz szkoła rysunków (1804 - łącznie 750 uczniów). Była też szkoła elementarna niem.-żydowska (1786 - 230) i szkoła dla dziewcząt założona przez szarytki (38). Istniały do 1809. W Księstwie Warszawskim ponownie uruchomiono szkołę elementarną (1810-12).

 * Do końca XVIII w. dyrektorem szkoły cyrkularno-elementarnej był Leopold Beckert von  Gilsenstein (podpisywał się Edler Johann Beckkert von Gilsenstein) - Jeden tylko niemiecki posiadał, a polskiej mowy z ducha i serca nienawidził. Uczniowie też go nie kochali, zwłaszcza, że w czasie lekcji miał zwyczaj szydzenia z obyczajów Polaków, co nieco później na złe mu wyszło, gdyż za jego ulubioną przymówkę "Ihr Polen..." trochę go za harcap potargano. Zresztą był to człowiek sposobniejszy na tambur majora w wojsku niż nauczyciela.