W 1902 uczniowie progimnazjum jako pierwsi w zaborze zaprotestowali przeciw nauce religii po rosyjsku (później także i uczennice). 27 I 1905 internacie progimnazjum męskiego zniszczono portret cara (stłuczone szkło, polany nieokreśloną cieczą, przykryty brudną szmatą), sprawców wykryto i wydalono ze szkoły. W tym czasie zaczęły docierać  odezwy i ulotki organizacji narodowych. 16 IV 1905 do rodziców uczniów zamojskich progimnazjów zaapelowało Towarzystwo Szkoły Polskiej w Warszawie - zwracając się o nie przysyłania do szkoły dzieci po Wielkanocy. Progimnazjum męskie przystąpiło do strajku w V 1905. Agitację prowadzili dawni uczniowie - studenci, członkowie konspiracyjnych organizacji młodzieżowych. Odezwy wzywające do strajku powielano na hektografie w ogrodzie Czernickich. Oprócz braci Władysława, Jana Stefana Czernickich, aktywni byli Klemens Klimkiewicz, Kazimierz Miechowski, Janusz i Feliks Ciszewscy, Maria i Stanisław Leszczyńscy,  Maria Serwin, Stefania Turczyńska. Wśród uczestników strajku był relegowany później ze szkoły Jan Załuska (osobne hasło). Młodzież w Zamościu uczestniczyła  także 21 X 1905 w dużej manifestacji rzemieślników i robotników.

 * O gorących zajściach w gimnazjach w Siedlcach i Zamościu donosi Wiek XX - pisała "Gazeta Narodowa" z 5 II 1902 (nr 36)|
 * 16 IV 1905 Do rodziców uczniów zamojskich progimnazjów zwróciło się Towarzystwo Szkoły Polskiej w Warszawie - Na waszej ziemi było jedno z ogniw polskiej nauki. Dla waszego starożytnego miasta zjeżdżała się młodzież rządna wiedzy. Dzisiaj w tym miejscu dzieci wasze muszą słuchać szyderstw z tego wszystkiego co dla nas jest święte i drogie. Nie znoście dłużej takiego poniżenia. Zabierzcie swoje dzieci na święta Wielkanocy i niechaj od tej pory rosyjskie szkoły w Zamościu świecą pustką. Niechaj wróg wie, że wola całego narodu na cały obszar naszej ziemi postanowiła: musi istnieć na polskiej ziemi polska szkoła.