W 1582 przy budowie Zamościa pracował cieśla Szymon Niemiec. W 1591 było 5 posesjonatów Niemców. Na przełomie XVII/XVIII w. ewangelicy Niemcy mieli swój szpitalik. Lubekę, Hamburg, Kolonię zwiedził Tomasz Zamoyski. W Getyndze i Lipsku studiował Andrzej Zamoyski. Jego staraniem w 1785 do Zamościa przybyło 28 niemieckojęzycznych kolonistów (Koloniści z 1785) rzemieślnicy w większości protestantów. W ostatnich latach Akademii uczono w niej języka niemieckiego. W Liceum Królewskim wykładał Jan Hoffman z Lipska (później prof. UW). W poł. XIX w. osiadł tu Jakub Grau z Frankfurtu, specjalista od pieców cegielnianych, m.in. właściciel parterowej "kamienicy" przy ul. Listopadowej 44 (rozebrana w l. 80.), którego córki poślubiły mieszkańców Zamościa (Gałaszkiewicz i Kulaszyński). W 1864 mieszkało w Zamościu  kilkunastu Niemców.
W dziejach Zamościa jest także okres okupacji niemieckiej (osobne hasło). Współczesne związki z Niemcami symbolizuje Schwäbisch Hall (osobne hasło), a ich miarą są dwa Honorowe Obywatelstwa Miasta (osobne hasło). Fundacja Współpracy Polsko-Niemieckiej dofinansowała 20 mld zł budowę oczyszczalni. Latem 1989 w OHP  120 młodzieży z Magdeburga  pracowało na rzecz miejskiej zieleni i i KBK. Od 1992 w "Zamgesie" powstawały napoje na niem. licencji ("Frucade"). W 1993 podczas Dni Polskich w Hamburgu urządzono wystawę "Zamość miasto renesansu" (model miasta i 40 fotogramów), wystąpił zespół "Capella all antico". W 2011 Zamość zwiedził b. Prezydent Niemiec Horst Köhler.