Najstarsze i największe jest w Zamościu Muzeum Zamojskie, w ramach którego czynna jest ekspozycja w Arsenale i na Rotundzie. W 1987 powstało z inicjatywy Jana Zamoyskiego Muzeum Sakralne Kolegiaty Zamojskiej. Po utworzeniu diecezji zamojsko-lubaczowskiej otwarto Muzeum Diecezjalne. Wyspecjalizowane zbiory można obejrzeć w powstałych staraniem pasjonatów: Muzeum Techniki Drogowej i Mostowej, Muzeum Fotografii i Muzeum Szachów. W 2018 powstało siódme muzeum w mieście - Muzeum 3 Dywizji Piechoty Legionów ((Klub Batalionowy w koszarach), na które składa się kilkaset militariów Macieja Podgórskiego (przedsiębiorca, kolekcjoner).