Niemcy po zajęciu miasta w 1939 wyznaczyli zakładników (był wśród nich ks. Zawisza) i dokonali pierwszych aresztowań (m.in. starostę, dyr. banku, prof. Milera, oficerów WP). Od XII 1939 do Zamościa przywożono wysiedleńców z Poznańskiego (do 1941). Pierwszych egzekucji dokonano w "ogródku gimnazjalnym" (osobne hasło). W pierwszych miesiącach kilku Polaków rozstrzelano na terenie koszar i na strzelnicy małokalibrowej przy Łabuńce. Między II i VI 1940 bliżej nieznaną liczbę osób rozstrzelano za sądem (d. boisko), od 1941 zdarzały się egzekucje na cmentarzu. Od 19 VI 1940 w ramach akcji niszczenia inteligencji (Akcja AB) aresztowano kilkaset osób z 4 powiatów (wywiezionych potem do obozów koncentracyjnych). Byli to pierwsi więźniowie Rotundy, która stała się symbolem tragicznych losów Zamojszczyzny. Bohatersko ginęli zamojscy harcerze (Grażyna Kierszniewska), wybitni przedstawiciele miejscowej inteligencji i cenieni obywatele miasta, żołnierze podziemia.
Aresztowania i deportacje do obozów trwały nieustannie i pochłonęły trudną do ustalenia liczbę ofiar. Nastąpiła całkowita eksterminacja społeczności żydowskiej (Zagłada Żydów). Z Zamościa poszła w świat pierwsza, aluzyjnie podana wiadomość o obozie w Bełżcu (list z 5 lub 6 IV 1942 niejakiego "Szlamka"). Powstał obóz jeńców radzieckich. W 1941-43 w szkole rolniczej hitlerowcy rozstrzelali nieustaloną liczbę Żydów i jeńców radzieckich (zwłoki zakopywano przy stajni, ujeżdżalni i szkółce "Florianka"). Rozstrzeliwano też na terenie stadionu (ekshumacja 10 ofiar), w lesie pod Sitańcem (ok. pół tysiąca). Ponurą sławę miejsca represji zyskała siedziba gestapo (Dom Czerskiego) i Więzienie. Podaje się, że do końca 1943 zamojskie gestapo zamordowało 240 osób. 28 X 1942 w Oświęcimiu rozstrzelano dużą grupę aresztowanych znacznie wcześniej zamościan.
Organizowane były masowe aresztowania (m. in. 14 XI ok. 40 osób) i łapanki, zwłaszcza w 1942 (20 V, 12 i 20 IX, 19 X - zatrzymano na Rynku Wielkim aż 3 tys. i 300 wysłano na roboty, 3 XII). Wielu ludzi schwytano także podczas innych wielkich łapanek na Nowym Rynku (26 V 1943 ok. 500 osób - wg agencji "Wieś" z 2 VI) i targowisku (X 1943), przetrzymując ich w piwnicach Ubezpieczalni. Od X 1943 na podstawie zarządzenia Gen. Gubernatora Hansa Franka o zwalczaniu zamachów... skazano w Zamościu 237 osób (9 "afiszów śmierci").
23 zamościan znalazło się wśród 36 rozstrzelanych publicznie 10 III 1944 w Chełmie przy ul. Lwowskiej pod murem cmentarnym na tzw. Targowicy. Ofiary egzekucji pochowano w zbiorowej mogile. Od zimy 1941 Niemcy rozstrzelali także bliżej nieokreśloną liczbę osób, okresie okupacji na miejscowym cmentarzu pochowano ok. 1500 pomordowanych. Od IV 1942 przez prawie półtora roku również nie znaną liczbę ofiar stracono i pochowano na cmentarzu żydowskim a w IX 1942 Gestapo rozstrzelało Żydów na terenie getta za b. szpitalem, tam pochowanych.
W 1949 MRN wykazywała tylko trzy miejsca straceń Rotundę oraz strzelnicę i ogródek gimnazjalny (z obu ekshumacje).
Wg raportu z 1945: 
 - na Rotundzie w nieotwartych grobach zbiorowych ok. 2000 ofiar.
 - za stadionem sportowym groby zbiorowe ok. 300 ofiar,
 - na ul. Szwedzkiej mogiły zbiorowe 12.000 jeńców, na Janowicach 7.000.
 - za Rotundą od str. płd. za rzeczką mogiły zbiorowe 520 rozstrzelanych żołnierzy Armii Czerwonej.
 - w parku 4 mogiły oficerów radzieckich (polegli przy zdobywaniu Zamościa) i mogiła milicjantów.
 - na cmentarzu katolickim groby 60 ofiar gestapo.

 * Z obwieszczenia Dowódcy Policji bezpieczeństwa i SD w Okręgu Lubelskim z 11 XII 1943 r. o skazaniu i wykonaniu wyroku kary śmierci - z Zamościa Stefan Kozłowski i Zygmunt Arentowicz za udział w zakazanej organizacji,  w obwieszczeniu z 17 I 1944 - Bolesław Mazur, Marcin Jonak i Bolesław Leśniak z Zamościa.
 * Wg danych zamojskiego ZBoWiD (J. Tebinka, 1986) w Zamościu zginęło w walce 1080 zamościan, przeważnie ludzi bardzo młodych.