Nie zachowały się wiadomości o obrazach, które znajdowały się w pałacu ordynackim. W wymiarze symbolicznym o 4 portretach z pałacu pisał w 1592 Szymon Szymonowic (Imagines diaetae Zamoscianae). Natomiast w 1749 inwentarz Kolegiaty wyliczał 59 płócien. Wiadomo o "galerii" istniejącej od 2 poł. XVIII w. w "infułatce" (46 pejzaży, scen religijnych i marynistycznych, portretów Zamoyskich i dostojników kościelnych, m.in. włoskie i francuskie). Obrazy znajdowały się w Akademii, w 1674 - 9 (gł. portrety Zamoyskich). W 1 poł. XVIII w. różnych pomieszczeniach znajdowały się obrazy religijne i portrety ordynatów, m.in. malowany przez ...kobietę o nieznanym nazwisku portret ordynatowej Teresy Anieli Zamoyskiej. W 1811 na korytarzach wisiały 42 obrazy przedstawiające świętych. Od 1906 własnością Maurycego Zamoyskiego było słynne Kazanie Skargi Matejki.
W Katedrze (Obrazy katedralne) znajdują się obrazy Carlo Dolciego, Jana Kasińskiego, Józefa Prechtla, Rafała Hadziewicza, Wojciecha Gersona, Józefa Buchbindera (osobne hasła), a w muzeum (Muzeum Zamojskie - zbiory): O. Boznańskiej, J. Brandta, M. Gierymskiego, R. Hadziewicza, J. Kossaka, F. Lampiego, J. Mehoffera, S. Noakowskiego, J. Norblina, L. Wyczółkowskiego, T. Tyszkiewicz, Nikifora.
W l. 20. XX w. służył w sztabie 3 DPLeg. kpt Stanisław Kozubek w którego posiadaniu był XVI-wieczny obraz Madonny z warsztatu (szkoły) Rafaela. W 1927 odwiedził Zamość znany warszawski grafik Tadeusz Cieślewski (pozostawił tekę 7 drzeworytów zamojskich).  Przed wojną można było spotkać w zamojskich mieszkaniach obrazy znanych malarzy polskich, u Henryka Rosińskiego (rysunek Popiersie dziewczyny Matejki), u notariusza Zielińskiego (Chełmoński, Fałat, Kossak), u Walerii Burzmińskiej (Chełmoński, Kossak, Żmurko, Stachiewicz), Matejów (Styka, Fałat, Wierusz-Kowalski, Grabiński, Jaxa-Małachowski, Piotrowski, Batowski, Kostrzewski), Mikettów (Jaxa-Małachowski, Setkowicz), Balcewiczów (Fałat 2, Jamont 2, Jarocki, Kossak), Wszołek-Świderskiej (Kossak, Żmurko), Janiny Marchelskiej (Fałat, Wygrzywalski, Piotrowski, W. Kossak), u Ruczajewskich (Chełmoński, Kossak), Szubertów (Laszenko Burza na pustyni). Obecnie, oprócz znanych współczesnych artystów, można spotkać malarzy dawniejszych, jak Vlastimil Hofman, Jan Moniuszko, Bronisława Rychter-Janowska, Adam Setkowicz, Tadeusz Kulisiewicz.
Zbiory współczesnego polskiego malarstwa posiada Galeria Zamojska - Maria Anto (2 obrazy), Antoni Boratyński (Odlatujące ballady, 1990), Tadeusz Brzozowski, Jan Dobkowski (Maksio stoi i siedzi, Trójkąt Marianny, 1979), Tadeusz Dominik (pejzaż), Jerzy Duda-Gracz, Edward Dwurnik (3 obrazy, 1978), Antoni Fałat (6 obrazów), Andrzej Konwerski (dwa obrazy), Ludwik Jaksztas (Pejzaż podwałbrzyski, 1982, Portret żony z Lulkiem, 1982, Wycieczka za miasto, 1986), Łukasz Korolkiewicz (Wnętrze, 1984), Marek Kwaszkiewicz (Henryczek, akw. 1987), Paweł Lasik (Kółko graniaste, 1986), Benon Liberski (Martwa natura, 1973), Zbigniew Lutomski (Uzupełnienie IV, drzew. 1989), Mariusz Łukasik (Toys Toya, 1986), Zbysław Maciejewski (1986, Cieplarnia III, 1997), Edmund Małkowski, Franciszek Maśluszczak (Mieszkańcy, akw. 1989), Jerzy Mierzejewski, Jerzy Nowosielski (1979), Teresa Pągowska (Menuet III, 1981), Janusz Przybylski (Kolędnicy, 1983), J. Rilke (Marysia, akw. 1986), Allan Rzepka (Zielona tapeta, 1988), Olga Samarska (Przed burzą, 1979), Andrzej Stroka (Przed burzą, akw. 1985), Wiesław Szamborski (Tęsknota i próba, akw. 1979), Andrzej Tryzno (Lance, 1989, Chłopiec w białym kapeluszu), Maria Tryzno (Chłopczyk, 1978),  Henryk Waniek, Stanisław Wejman (Jambalaya, 1989).
Od 2013 w Muzeum Zamojskim znajduje się wyróżniający niezwykłymi rozmiarami (6x2 m) obraz austriackiego malarza Georga Fischhofa Rejtan (1896), częściowa kopia słynnego obrazu Matejki.


 * Rejtan Fischhofa w przeszłości trafił z Austrii do Australii, nabył go mieszkający tam  pochodzący z Zamościa Wiesław Walczuk. Obraz początkowo przywiózł do Krakowa, następnie przekazał w trwały depozyt Muzeum w rodzinnym mieście. Obok postaci "matejkowskich" centralnej części obrazu są sceny i elementy autorskiego pomysłu.