Do 1811 przechowywane na ratuszu w skrzyni magistrackiej, po czym wraz przywilejami królewskimi powędrowały najpierw do Szczebrzeszyna, a od 1843 do utworzonego w 1827 Archiwum Akt Dawnych w Lublinie. Po jego likwidacji w 1887 wraz z całym zasobem wywiezione zostały do Wilna. Po I wojnie światowej w ramach rewindykacji większość ewakuowanych akt wróciło do Lublina, jednak XVII i XVIII-wieczne akta miejskie Zamościa stamtąd napotkać można również w archiwach Lwowa i Mińska. Nie dotrwał w komplecie m.in. dokument królewski 1580, który po różnych perturbacjach od 1969 jest w Zamościu. W Archiwum Państwowym w Lublinie pozostaje do dzisiaj ponad sto najstarszych ksiąg miejskich. Najstarsze akta miejskie Zamościa:

Księgi radzieckie (Acta Consularia Zamoscensis), 14 ksiąg w kolejności sygnatur:
1. Decreta officii consularis civitatis Zamoscensis 1581-1594 (132 k.)
2. Liber actorum consularium civitatis Novae Samoscensis [!] 1594-1600 (253 k.)
6. Acta consularia Zamoscensia 1643-1654 (223 k.)
7. [Księga radziecka] 1657-1665 (455 k.)
8. Acta consularia Zamoscensia 1672-1685 (634 k.)
9. Acta consularia Zamoscensia 1688-1689 (896 k.)
10. [Księga radziecka] 1690-1692 (894 k.)
11. Acta consularia Zamoscensia 1694-1698 (309 k.)
12. [Księga radziecka] 1709-1715 (505 k.)
14. Acta consularia Zamoscensia 1755-1757 (119 k.)
15. [Księga radziecka] 1753-1766 (573 k.)
16. [Księga radziecka] 1767-1774 (552 k.)
17. Acta officii proconsularis Zamoscensis 1775-1778 (434 k.)
18. Prothocollon officii proconsularis Zamoscensis 1780-1786 (395 k.)
  * W księgach np. zezwolenia na sprzedaż domu, nadania placów, potwierdzenia transakcji, kopie przywilejów.
Księgi wójtowsko-ławnicze  (Acta Advocatialia et Scabinalia Zamoscensis), 42 księgi
19. Liber actorum tam fundorum quam vertentialium coram officio aduocati et viceaduocati - civitatis Zamoscie 1583-1605 (278 k.), d. Advoc. 1
20. Liber actorum judicii advocatialis et scabinalis civitatis Zamoscii 1606-1609 (300 k.), d. Advoc. 2
23. Acta advocatialia et scabinalia Zamoscensia 1632-1633 (218 k.), d. Advoc. 5
24. Acta causarum inscriptionum venditionum obligationum quietationum testamentorum contractuum iudicii civilis advocatialis Zamoscensis 1634-1635 (304 k.), d. Advoc. 8
25. Acta advocatialia et scabinalia Zamoscensia 1636-1637 (328 k.), d. Advoc. 9
26. Acta advocatialia et scabinalia Zamoscensia 1638-1639 (287 k.), d. Advoc. 10
27. Acta advocatialia et scabinalia Zamoscensia 1640-1641 (353 k.), d. Advoc. 11
28. Acta advocatialia et scabinalia Zamoscensia 1642-1643 (351 k.), d. Advoc. 12
29. Acta advocatialia et scabinalia Zamoscensia 1642-1645 (607 k.), d. Advoc. 13
31. Acta advocatialia et scabinalia Zamoscensia 1648-1650 (274 k.), d. Advoc. 15
32. Acta advocatialia et scabinalia Zamoscensia 1651-1653 (670 s.), d. Advoc. 16
33. Acta advocatialia et scabinalia Zamoscensia 1654-1655 (619 s.), d. Advoc. 17
34. Acta advocatialia et scabinalia Zamoscensia 1664-1667 (806 s.), d. Advoc. 18
35. Acta advocatialia et scabinalia Zamoscensia 1668-1670 (352 k.), d. Advoc. 21
36. Acta advocatialia Zamoscensia 1671-1674 (352 k.), d. Advoc. 22
37. Acta advocatialia Zamoscensia 1675-1677 (592 k.), d. Advoc. 23
38. Acta advocatialia Zamoscensia 1678-1684 (518 k.), d. Advoc. 24
39. [Księga wójtowsko-ławnicza] 1685-1689 (692 k.), d. Advoc. 25
40. [Księga wójtowsko-ławnicza] 1690-1695 (640 k.), d. Advoc. 26
41. [Księga wójtowsko-ławnicza] 1696-1703 (766 k.), d. Advoc. 27
42. [Księga wójtowsko-ławnicza] 1704-1711 (977 k.), d. Advoc. 28
43. [Księga wójtowsko-ławnicza] 1712-1720 (737 k.), d. Advoc. 29
44.[Księga wójtowsko-ławnicza] 1721-1734 (1051 k.), d. Advoc. 30
45. Acta officii advocatialis et scabinalis Zamoscensis 1735-1740 (631 k.), d. Advoc. 31
46. [Księga wójtowsko-ławnicza] 1740-1744 (549 k.), d. Advoc. 32
47. Acta advocatialia et scabinalia Zamoscensia 1744-1751 (764 k.), d. Advoc. 33
48. Acta advocatialia et scabinalia Zamoscensia - indukta 1749-1755 (625 k.), d. Advoc. 33
49. Liber advocatialis 1756-1760 (448 k.), d. Advoc. 36
50. Inducta advocatialia 1761-1762 (419 k.)
51. Inducta actorum advocatialium 1763-1765 (345 k.)
52. Liber advocatialis seu inducta 1765-1767 (369 k.)    
53. Acta advocatialia 1760-1772 (901 k.), d. Advoc. 37
54. Acta officii advocatialis et scabinalis Zamoscensis 1773-1778 (417 k.), d. Advoc. 38
55. Acta perpetuitatis judicii advocatialis et scabinalis Zamoscensis scilicet inscriptionum venditorearum donationum resignationum quietationum submissionum intromissionum etc. 1778-1779 (200 k.), d. Advoc. 39
56. Acta officii advocatialis et scabinalis Zamoscensis inscriptionum venditionum donationum intromissionum aliarumque perpetuarum transactionum 1779-1780 (189 k.), d. Advoc. 40 
57. Acta perpetuitatis transactionum inscriptionum venditorearum intromissionum cessionum - officii advocatialis et scabinalis 1780-1786  (953 k.), d. Advoc. 41
58. Prothocollum decretorum judicii advocatialis et scabinalis Zamoscensis 1779-1786 (674 k.), d. Advoc. 42
59. Liber decretorum advocatialium 1761-1766 (383 k.), d. Advoc. 43
60. Liber decretorum viceadvocatialium 1767-1776 (527 k.), d. Advoc. 44
61. Liber decretorum advocatialium 1777-1780 (389 k.), d. Advoc. 45
62. Repertorium advocatialium 1721-1786 (453 k.), d. Advoc. 46
63. [Ekstrakty z ksiąg wójtowsko-ławniczych, radzieckich i grodzkich buskich] 1674-1770 (42 k.), d. Advoc. 22a
 * wpisy elekcji władz, uchwały sądowe, akty kupna.
Księgi prawa ormiańskiego
64. [Księga wójtowsko-ławnicza] prawa uprzywilejowanego ormiańskiego 1626-1649 (140 k.), d. Armen. 1
65. Acta civilia advocatialia et scabinalia iuri Armenici privilegiati Zamoscensi 1642-1643 (153 k.), d. Armen. 2
66. Akta wójtowskie prawa uprzywilejowanego ormiańskiego zamojskiego 1649-1659 (612 k.), d. Armen. 3
67. Acta advocatialia et scabinalia Zamoscensia iuris priuilegiati Armenici 1643-1647 (56 k.), d. Armen. 4    
68. Akta prawa uprzywilejowanego ormiańskiego zamojskiego 1669-1674 (185 k.), d. Armen. 5
69. Akta urzędu prawa uprzywilejowanego ormiańskiego zamojskiego 1680-1685 (612 k.), d. Armen. 6
70. Akta urzędu prawa uprzywilejowanego ormiańskiego zamojskiego 1685-1690 (653 k.), d. Armen. 7
71. Akta wójtowskie prawa uprzywilejowanego ormiańskiego zamojskiego 1690-1700 (407 k.), d. Armen. 8
Księgi podatkowe
72. Acciza. Miejskie acciza, pogłówne 1656-1657 (295 k.)
73. Księgi exactorskie miasta Zamościa 1696 (40 k.)
74. Księgi exaktorskie 1707 (41 k.)
75. Księgi exaktorskie miasta Zamościa 1709 (33 k.)
Księgi Magistratu Miasta Zamościa
76. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1787-1788 (98 k.)
77. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1788-1789 (100 k.)
78. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa]1789-1790 (100 k.)
79.  Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1790-1791 (100 k.)
80. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1791-1792 (100 k.)
81. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1792-1793 (100 k.)
82. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1793-1794 (96 k.)
83. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1794-1795 (96 k.)
84. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1795-1796 (90 k.)
85. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1796-1797 (96 k.)
86. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1797 (97 k.)
87. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1798 (100 k.)
88. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1798-1799 (101 k.)
89. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1799-1800 (100 k.)
90. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1799-1801 (100 k.)
91. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1801-1803 (92 k.)
92. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1803-1804 (103 k.)
93. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1804 (103 k.)
94. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1804-1805 (187 k.)
95. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1806 (99 k.)
96. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1807-1808 (138 k.)
97. Liber documentorum Dominium aquisitivorum et translativorum [Księga Magistratu miasta Zamościa] 1808-1809 (91 k.)
98. Repertorium status activi et regulationum Magistratus 1787-1809 (165 k.)
Księgi długów i kaucji
99. Liber debitorearum et cautionalium inscriptionum 1787-1790 (99 k.)
100. Liber debitorearum et cautionalium inscriptionum 1790-1792 (100 k.)
101 Liber debitorearum et cautionalium variarum inscriptionum 1793-1794 (94 k.)
102. Liber debitorearum et cautionalium variarum inscriptionum 1794-1795 (95 k.)
103. Liber debitorearum et cautionalium variarum inscriptionum 1795-1797 (96 k.)
104. Liber debitorearum et cautionalium variarum inscriptionum 1797-1799 (102 k.)
105. Liber debitorearum et cautionalium variarum inscriptionum 1799-1800 (101 s.)
106. Liber debitorearum et cautionalium variarum inscriptionum 1801-1803 (95 k.)
107. Liber debitorearum et cautionalium variarum inscriptionum 1803-1805 (97 k.)
108. Liber debitorearum et cautionalium variarum inscriptionum 1806-1807 (97 k.)
109. Liber debitorearum et cautionalium variarum inscriptionum 1807-1810 (89 k.)
110. Repertorium status passivia regulatione Magistratus 1787-1810 (136 k.)
Księgi testamentów
111. Liber testamentorum 1788-1809 (95 k.)
112. Liber testamentorum 1809-1810 (25 k.)
Księgi intercyz przedślubnych i akt wieczystych
113. Liber pactorum dotalium [intercyzy przedślubne] 1788-1809 (63 k.)
114. Liber actorum perpetuitatis diversorum 1786-1787 (95 k.)
Protokoły exhibitów i meldujących się gości
115. Protocollum exhibitorum in Judicialibus Magistratus Zamosc 1798 (188 k.)
116. Protokół meldujących się gości przybyłych do miasta Zamościa 1791-1793 (114 k.)
Księgi tabuli miasta i przedmieść
117. Tabula ex civitate Zamosc - domy nr 2-99 T. 1 b.d.
118. Tabula ex civitate Zamosc - domy nr 65-164 T. II b.d.
119. Tabula ex civitate Zamosc - domy nr 165-152 T. III b.d.
120. Tabula ex civitate Zamosc - domy nr 356-456 T. IV b.d.
121. Tabula ex civitate Zamosc - domy nr 457-549 T. VI b.d.
122. [Tabula ex civitate Zamosc et praeurbio] - domy nr 271-353 T. VII b.d.
123. [Tabula ex civitate Zamosc] - domy nr 14-46 b.d.
124. [Tabula ex civitate Zamosc] - domy nr 102-142 b.d.
Pozostałe
125. Prothocollon pertractationum substantiae 1799-1808 (235 k.)
126. Prothocollum in causis pupillaribus 1801-1802 (236 k.)
127. Akta luźne miasta Zamościa XVI w. -1823
W powyższym zestawieniu brakuje m.in. księgi wójtowskiej z 1696 (480 k.),  pełnej inicjałów i rysunków ilustrujących toczące sprawy, pod dawną sygnaturą nr 6, z której korzystano przy wystawie w 1957.