Są pod każdą z kaplic. Pierwotnie do każdej schodzono osobnym zejściem umiejscowionym w prowadzącej do kaplicy arkadzie (w 1989 odkryto schody do ostatniej krypty z kamiennym portalem). Chowano w nich ordynatów (pod kaplicą ordynatów), infułatów (pod kaplicą Infułacką, a także prawdopodobnie pod prezbiterium), profesorów (pod Akademicką), członków Bractwa Literackiego (pod kaplicą Zwiastowania), szlachtę i patrycjat.
Do splądrowania podziemi katedralnych miało dojść w czasie wojen północnych, z trumny kanclerza zerwano blachy, wyrwano gwoździe. Pod koniec XVIII w. Austriacy zabronili chowania zmarłych i wejścia do wszystkich krypt płn. i dwu płd. zasypano i zamurowano. W 1799 wykonano w posadzce prowadzące podziemia pod kaplicą Zamoyskich drzwi żelazne z odkutymi z brązu herbami Zamoyskich i łac. inskrypcją (Fundatorom wdzięczna pamięć).
W 1807 powstał niezrealizowany projekt wspaniałego marmurowego sarkofagu dla założyciela miasta, widocznego przez owalny otwór w kaplicy. W 1817 w krypcie pod kaplicą ordynacką stłoczonych było w bezładzie w dwóch warstwach  27 trumien oraz trzy kociołki z jelitami (posadzka podziurawiona przez szczury i kuny, potworny zaduch). Zdarzało się zalanie podziemi wodami gruntowymi (trumny w nich pływały). W 1826 usunięto galerię portretów. Dopiero w 1844 Zamoyscy, którym rząd pozostawił familijne groby, zajęli się ich restauracją. Rządca ordynacki Zieliński zobaczył tam nędzną otwartą kanclerską trumnę do której kto chce zagląda. Gruntownie uporządkowano, odrestaurowano krypty (osuszane piecykiem i rozpalonymi fajerkami), wymurowano łączący je korytarz, wstawiono okienka (majster Kiełbiński). Przenieśli trumny spod kaplicy ordynackiej, pozostawiając tam najwybitniejszych przedstawicieli rodu, reszta trumien pozostała w korytarzu. W 1854 z trumny Hetmana wyjęto traktowany jako relikwię narodową kawałek pąsowego aksamitu z jego stroju.
Ok. 1860 stan podziemi znowu był opłakany, wywołał poruszenie w kraju (trumna hetmańska odkryta, szczątki jego porozrzucane). W 1861-62 Mikołaj Żychliński wykonał m.in. "futerał dębowy" na trumnę Hetmana. 24 trumny, w części nowe, wyściełane czarnym suknem, ustawiono w miarę możliwości rodzinami, pobielono ściany. Restaurowano jeszcze krypty w 1902 (stare trumny umieszczono w nowych, jednolitych, drewnianych "pokrowcach") oraz 1938.
W 1920 zbezcześcić i złupić podziemia miał zwiad Budionnego. Kozacy wjechali od strony Szczebrzeskiej, zastając otwarte krypty, zaczęli łupić trumny z kosztowności. Dowódca biorąc za kociołek ze starym winem przebił szablą jedną z urn (serce Katarzyny z Ostrogskich zakonserwowane w winie) i oblany zawartością padł w tej chwili bez życia.
Duże prace prowadzono od 1988. Odkryto dwie ostatnie zamurowane krypty płd. (w jednej warstwowe pochówki przysypanych wapnem, zmarłych na zarazę Szwedów), a później jeszcze trzy płn. - pod kaplicą Akademicką, Zwiastowania i pod nawą boczną. Dwie pierwsze spenetrowano w 1949, informując o znalezieniu szczątków Szymonowicza i ...Klonowicza (sic - zm. w Lublinie). W 1992 pod "Zwiastowaniem" natrafiono na ostatni dawny pochówek - trumnę Teresy Zielińskiej  1784. 
Zidentyfikowano część anonimowych trumien (m.in. Jana Sobiepana i obu biskupów Zamoyskich), wykonano gabloty, tabliczki z informacjami), wnętrza otynkowano i pobielono. W podziemiach odnaleziono portret trumienny Jana Sobiepana i nn szlachcica, które po konserwacji przekazano do muzeum. Prawie wszyscy zmarli spoczywają w prostych, pozbawionych dekoracji, malowanych na brązowo, drewnianych trumnach. Ostatnim pochowanym w podziemiach był Jan Zamoyski, XVI ordynat (2002), z Powązek sprowadzono też jego żonę Różę (2003). Po tym, by nie wzbudzać sensacji wstęp do krypt zamknięto. Także przyczyniła się do tego kradzież puszki z sercem Sobiepana (2001).
Krypta I (po kaplicą ordynacką) złożeni są: I, II, IV i X ordynat (ordynaci).
Krypta II - biskupi Jan i Jerzy Zamoyscy, XIV i XV (z żoną) ordynat oraz Adam Zamoyski zm. 1976 (urna), historyk, dzięki któremu wróciły do Polski insygnia koronacyjne.
Krypta III - IX, XI, XII i XIII (z dwoma synami) ordynat.
Krypta IV - III, V, VI, VII i VIII ordynat.
Krypta V - żona IX ordynata oraz w jednej pod oszklonym wiekiem zmumifikowany Placyd Kurdwanowski, druga anonimowa.
Krypta VI zw. "babińcem" - żony I (czwarta), II, V, VI, VII, VIII i XIII ordynata, oraz srebrna szkatuła z sercem Jana Sobiepana (od 1988 we wnęce w szklanej gablocie). W krypcie zachowała się oryginalna ceglana posadzka, kamienny renesansowy portal i schody do nawy bocznej,
Korytarz - Jan Adam i Anna Zamoyscy (zm. 1879 i 1859) w tzw. francuskich trumnach, w niszach 3 urny-naczynia z wnętrznościami (do XIX w. zmarłych mumifikowano) - nienaruszone Konstancji Czartoryskiej I v. Zamoyskiej i Kurdwanowskiej nienaruszone i nn rozbita w 1920, gablota z mankietem stroju Klemensa Zamoyskiego (złotogłów o pięknych wzorach), tablica z imionami Zamoyskich pochowanych na obczyźnie.
Odnalezione 2 portrety trumienne umieszczono w muzeum, Krypty płd. udostępnione są do zwiedzania. Nadal pozostają niedostępne krypty pod pozostałymi kaplicami, nawą główną, prezbiterium, zakrystią. W IV - IX 2019 krypty zwiedziło 6,9 tys. Po długiej przerwie otwarte w VII 2022 (założono kraty).

 * Pierwszego po Kolegiatą Hetmana pochowano w srebrnej trumnie, później rzekomo przetopioną na 12 lichtarzy przechowywanych w skarbcu Kolegiaty.
 * W rodzinie Zamoyskich istniał rzadki wśród szlachty zwyczaj mumifikowania zwłok. Szkatuły z sercem ustawiano na trumnie (na przełomie XVIII i XIX w.) stały na ołtarzu w kaplicy Zamoyskich), pod trumną miedziane naczynia z wnętrznościami zmarłego. Na pocz. XX w. puszki włożono do trumien, zachowała się tylko jedna.
 * Relacja z 1860 "Dziennika Literackiego" o krypcie kolegiackiej i zastanych szczątkach Hetmana - W trzech oddziałach trumny Zamoyskich, jest ich tam z 15-tu, w nieładzie jedna na drugiej, jedna wszerz, jedna wzdłuż, niektóre z wiekiem połamanem, w wszystkie brudne, zaniedbane. W  najgorszym stanie jest trumna samego hetmana. Podniosłem wieko i zapłakałem widzą święte szczątki tego bohatera w takim nieładzie: czaszka przewrócona, w dziurach gdzie były oczy - kurz i śmiecie ze zbutwiałej trumny. Jedna noga przy czaszce, druga gdzieś na dole.  Kontusz dosyć dobrze zachowany, bo znać nawet barwę fioletową, ale sukno podarte, pokapane, wilgotne i pełne trzasek. Nie ma w trumnie ani karabeli, ani guzików, ani pierścionków. (...)
Wg podobnej relacji - Zamoyskiego głowa i nogi osobno, żupan pokapany woskiem. Pozostałe trumny - od wilgoci pobutwiałe, złożone bez składu i porządku, fundatorska najbardziej jednak opuszczona.
Przyczyną tego - relacjonował w tymże roku urzędnik ordynacki były dziady kościelne, na których łasce owe krypty pozostają, każdemu przychodzącemu je pokazujący. Podobnie rzecz się ma z trumną Jana Wielkiego, bowiem otwarte wieko podnieść można, szczątki dotknąć i udrzeć kawałek szaty na pamiątkę.
 !!! W 1918 RM wnioskowała aby skrzynię z modelem herbu Zamościa zechciał ksiądz "pochować" w grobach kolegiackich!
 * W 1861 niejaki Zieliński ofiarował do zbiorów Przeździeckiego w Kielcach kawałek pąsowy aksamitu sukni wyjęty w 1854 z grobu Jana Zamoyskiego.
 * Latem 1949 w trakcie remontu Kolegiaty odkryto grobowiec Szymonowica, zamiast trumny - cztery małe trumienki w ostatniej bocznej kaplicy po prawej stronie. Poszukiwania były kontynuowane.
 * Z tablicy: