Pierwszy zamojski kościół rzymskokatolicki stanął ok. 1475, czyli jeszcze przed powstaniem miasta. 16 IV 1581 poświęcono, wzniesiony w tym samym miejscu na przedmieściu, nowy kościół przy którym później wybudowano plebanię (1583). 20 VIII 1584 erygowano parafię św. Krzyża (dotychczas kościół, a więc i powstający Zamość należały do parafii w Żdanowie). Pierwszym zamojskim proboszczem został ks. Stanisław Krasowski. 5 VII 1600 parafię przeniesiono do nowo wybudowanej Kolegiaty. Ufundowana została przy niej Kapituła Zamojska. W 1589 osiedli w Zamościu pierwsi zakonnicy. Powstały kolejne kościoły.

 Kościół franciszkanów

Kościół kolegiacki           

 55

 długość

 49

 29

 szerokość

 33

 37

 wysokość fasady

 30

 22,5

 wysokość nawy gł. 

 19,5

W XVIII w. oprócz Kolegiaty czynne były w mieście 4 kościoły klasztorne (franciszkański, bonifraterski, reformacki i klaryskowski), 3 podmiejskie (św. Krzyża, św. Katarzyny i MB Loretańskiej) oraz 3 świątynie katolickie obrządku wschodniego (ormiańska, bazyliańska i unicka podmiejska). Przez pewien czas istniało w Zamościu także seminarium duchowne. Mimo, że jeszcze w 1787 rozważany był projekt utworzenia drugiej parafii, to na przełomie XVIII/XIX w. doszło do kasaty prawie wszystkich kościołów w mieście.
Władze zaborcze pozostawiły tylko Kolegiatę i cerkiew unicką, którą jednak oddano później prawosławnym. Do parafii kolegiackiej należały także okoliczne wsie. W 1785 było ich 13 (najdalej Białowola - 1,5 godziny drogi). Parafia liczyła wówczas 4806 wiernych (1830 - 3195, 1916 - 10.707, 1938 - 12 293, 1948 - 15.000). Jeszcze w 1772 w Zamościu było ponad 50 kapłanów i kilkunastu kleryków (większość z nich była zakonnikami). W 1808 w mieście znajdowało się już tylko 31 duchownych wszystkich wyznań, tylko 4 byli księżmi katolickimi. Znane są nazwiska kapelanów wojskowych (w 1830 przy 27 pułku strzelców pieszych ks. Ignacy Hoffman). W 1809-56 jako wikariusz pracował - najdłużej w dziejach Zamościa - ks. Józef Biesch (wcześniej dokładnie tyle samo zarządzał Kolegiatą Jan Trembiński osobne hasło). Władze stopniowo ograniczyły liczbę wikariuszy kolegiackich do jednego tylko (1886-1906).
Przełomowym momentem stała się odbyta po długiej przerwie wizytacja pasterska biskupa Franciszka Jaczewskiego (21-22 V 1905), która przerodziła się w wielką manifestację religijno-patriotyczną (30 tys. wiernych, 40 księży).
W pierwszych latach Niepodległości do czołowych działaczy społecznych i gospodarczych należeli ks. Stefan Jerin i ks. Józef Dąbrowski (osobne hasło). W latach międzywojennych ponownie otwarto 3 kościoły, m.in. dwa w dawnych cerkwiach (szkolny, garnizonowy i klasztorny) oraz rozpoczęto budowę kolejnego na oddalonej od centrum Nowej Osadzie. Czynne były m.in. Stowarzyszenie Młodzieży Polskiej (w Zamościu okręg obejmujący 5 powiatów, prezes ks. Cieślicki), Sodalicja Młodzieży Polskiej (w 1932 zjazd delegatów z terenu diecezji), 1934-50 Sodalicja Mariańska Panien z Inteligencji (moderator o. Szrant, rekolekcje, biblioteka, zbiórki ...znaczków pocztowych - 6,5 tys., m.in. Janina Smyrska, Janina Harczuk), Zelatorzy i Zelatorki (1933 zjazd, w całym powiecie 1600 kobiet i 400 mężczyzn), Tow. Młodzieży Chrześcijańskiej, Stowarzyszenie Mężów Katolickich, bractwo różańcowe. Przed wojną długoletnim kapelanem garnizonu był ks. Józef Świdnicki.
W czasie okupacji nabożeństwa odprawiano tylko w kościele św. Katarzyny i kaplicy pod nieukończonym kościołem św. Krzyża. W ramach akcji wyniszczenia inteligencji w VI 1940 na Rotundzie znalazło się 17 księży, w czasie akcji wysiedleńczej do obozu przejściowego trafiło 25 księży i 4 zakonnice. Na Rotundzie rozstrzelani zostali trzej zamojscy księża: redemptoryści Jan Jakubowski i Wincenty Wójtowicz (1940) oraz prefekt szkół zamojskich, kapelan WP, kpt Antoni Gomółka (osobne hasło). Podczas okupacji Kolegiatą administrował ks. Władysław Forkiewicz (osobne hasło).
Dopiero po wojnie powstaje bardzo potrzebna druga parafia w mieście p.w. św. Krzyża (eryg. 31 XII 1949). W 1955 kolegiacka liczyła 12.500 parafian, nowomiejska - 5.500 (do obu należało 13 wsi). Kolejne parafie powołano dopiero na przełomie l. 70 i 80. Były to parafie św. Michała Archanioła (12 IV 1979), św. Mikołaja (15 III 1982) i Matki Bożej Królowej Polski (8 XII 1983), a w l. 90. garnizonowa (6 III 1992), Zwiastowania NMP (3 VII 1994) Miłosierdzia Bożego (22 VIII 1994) i Św. Brata Alberta (22 XII 1994).  Ponadto powstała kaplica w Zakładzie Karnym(poświęcona 22 XII 1994, pierwsza msza 1 XI 1981), w szpitalach (od 1934 kapelani). W Zamościu znajduje się siedziba dekanatu. W dekanacie odsetek uczęszczających na niedzielną mszę wyniósł w 2015 - 43,5% (w diecezji 45,2, w kraju 39,8), przystępujących do komunii 21,1% (w diec. 22,0, w kraju 17), w 2020 - 39,9 i 20,6, w 2022 - 33,5 i 17,4.
Liczba księży w mieście, w 1938 - 15 (w tym 6 zakonnych), 1 VIII 1944 - 5 kolegiata, 4 św. Katarzyny, 2 św. Krzyża, 1947 - 14 (administrator, 3 wikariuszy, rektor, 2 prefektów, przeor i 6 zakonników), 1948 - 17 (6 zakonników), 1955 - 12 (4), 1966 - 19 (8), 1985 - 27 (11), 1999 - 42 (9). Katedra w 1994 posiadała 5 wikariuszy, Św. Krzyż, MB Królowej Polski i św. Michał po trzech, później jeszcze 3 w kościele Zwiastowania MMP, pozostałe po 1. W 1998 przy kościołach zamieszkiwało 6 rezydentów (najwięcej przy "Krzyżu"), 2 rektorzy 2 kapelani i prefekt.

Duchowieństwo w 1948 – proboszcz F. Zawisza, wikariusze: A. Burlewicz, St. Goździk  (1911, 1938, 1943). Rektorzy M. Giermakowski, T.. Malec (1913, 1942, 1947,) M. Puacz (1909, 1931, 1947,też od 1944 kapelan garnizonu), prefekci: A. Burlewicz, T. Malec, A. Suchara (1901, 1925,1947), Cz. Wiśliński (1911, 1940,1946, redemptorysta E. Kowalkowski (1913, 1938, 1945), M. Giermakowski, P. Nieużyła (1915, 1942, 1946). Też w Zamościu kapelan bernardyn M. Sikora 1883. 1906, 1945). Ponadto redemptoryści: od 1948 J. Herman, od 1945  E. Kowalski (1913), K. Majgier (1874), Z. Jakubowski (1914), od 1947 M.Fąfara i F. Maślanik.

Najwyższe godności papieskie w 2000 posiadali: ks. Jacek Żórawski i Zygmunt Zuchowski (protonotariusze apostolscy), oraz ks. Eugeniusz Goliński (honorowy prałat papieski) i ks. Czesław Grzyb (kapelan honorowy papieski).
Trzykrotnie przeżywał Zamość Nawiedzenie kopii obrazu MB Częstochowskiej. W 1983 ruszyła na Jasną Górę Piesza Zamojska Pielgrzymka
W 1978 czynne były 2 grupy oazowe (parafia św. Tomasza 30 osób, św. Krzyża 20), 1980 - 3. W 1990 powstał Legion Maryi (osobne hasło), 16 XII 1995 Akcja Katolicka (prezes Adam Kułaj), 12 VI 1994 Stow. Rodzin Katolickich (98 czł.). 1 X 1994 otwarto dla nauczycieli Kolegium Teologiczne (ul. Matejki 21), jest też Studium Życia Rodzinnego (od 1997) i Studium Organistowskie. Od 1990 w odbywał się Festiwal Pieśni i Piosenki Religijnej (osobne hasło).
Frekwencja podczas mszy św. w kościołach zamojskich (11 X 2009, 16 X 2016)

 parafia

 liczebność

 obecni

 procent

 Matki Bożej Król. Polski   

 11 030
8 610

 3 884
 2 741

 35,2
 31,7

 Miłosierdzia Bożego   

 4 450
 4 262

 1 458
 1 961

 32,7
 46,0

 Św. Brata Alberta   

 5 142
 4 830

 2 618
 1 736

 50,9
 35,9

 Świętego Krzyża   

 11 750
 9 348

 3 577
 2 439

 30,4
 26,1

 Św. Michała   

 9 332
7 569

 4 288
 3 998

 45,9
 52,8

 Świętej Bożej Opatrzności   

 2 960
 2 673

 1 110
 1 011

 41,2
 37,8

 Katedra   

 9 800
 7 380

 3 883
 2 696

 39,6
 36,5

 Zwiastowania NMP   

 4 500
 4 018

 2 397
 2 048

 53,2
 50,9

Podczas badania w niedzielę 16 X 2016 procentowo obecnych na mszy: w kościele św. Krzyża 62,1% parafian, Bożej Opatrzności 56,9%, Zwiastowania NMP 51,2%, MB Królowej Polski 50,5%, Miłosierdzia Bożego 48,9%, św. Michała 46,9%, Katedralnym 46,3%, św. Brata Alberta 40,4%;
do komunii przystąpiło w Zamościu 9298, najwięcej w kościele św. Michała 1874, kolejno św. Krzyża 1514, MB Królowej Polski 1376, katedralnym 1250, Zwiastowania NMP 1047, Miłosierdzia Bożego 960, św. Brata Alberta 702, Opatrzności Bożej 575;
procentowo do komunii obecnych w kościele: Zwiastowania NMP 26,1%, św. Michała 24,8%, Miłosierdzia Bożego 22,5%. Opatrzności Bożej 21,5%, katedralnym 16,9%, św. Krzyża 16,2%, MB Królowej Polski 16,0%, św. Brata Alberta 14,5%.

Parafie zamojskie w 2015

  chrzc. bierzm. I komunia małż. zm. rozd. komunii
Katedra 93 83 65 71 125 185.000
św. Michała 101 137 172 49 88 251.000
Zwiastowania NMP 51 41 27 16 65 70.000
MB Królowej Polski 83 108 75 45 59 180.000
Św. Bożej Opatrzności 52 87 47 15 38 49.000
Świętego Krzyża 130 138 157 51 71 120.000
Miłosierdzia Bożego 52 16 24 23 36 76.000
św. Brata Alberta 63 63 55 16 31 100.000

 * 1 IX 1751 rozpoczęto "jubileusz" procesją z przedmieścia do Kolegiaty ze statuą św. Piotra, kluczami i z arką "cum thesauro iubilaei", bramę kościoła otworzył infułat Aleksander Trembiński przy odgłosie trąb i kotłów. "Kurier Polski", 1751, nr 782
 * Pojemność kościołów (1951): kolegiata - 1400, św. Krzyża - 800, garnizonowy 700, św. Katarzyny - 500, redemptorystów - 400, polskokatolicki - 200.
 * 19-20 X 1995 peregrynacja relikwii (z Padwy) św. Antoniego, wraz z włoskimi zakonnikami i zakonnym zespołem z Łodzi (śpiewali przed ratuszem - kościół franciszkanów).
 * W 1998 z tereny diecezji wśród Polonii pracowało 24 księży, najwięcej na Ukrainie, pozostali m.in. w Afryce, USA, Belgii, Azerbejdżanie.
 * Przed wojną mieszkał w Zamościu pisarz hipoteczny Karol Goetz - ewangelik, jego żona była prawosławną, a córka katoliczką (z Ks. meld.).
 * W 2013 w Zamościu, na Zamczysku, mieszkał najstarszy ministrant w Polsce - Tadeusz Kopeć (osobne hasło), jest nim od 80 lat.
 Księża urodzeni w Zamościu: Franciszek Kamiński (1951), Tadeusz Kawala (1951), Ryszard Jabłoński (1952), Stanisław Sieczka (1952),
Henryk Kozyra (1958), Leszek Adamowicz (1960), Emil Nazarowicz (1960), Andrzej Lupa (1961), Piotr Petryk (1961), Janusz Ryń (1964), Tadeusz Liminowicz (1965), Paweł Szymański (1968).