W ciągu pierwszych dwu wieków oprócz arsenału potrzebom garnizonu wystarczały wartownie przy bramach oraz wybudowany później pod schodami ratusza odwach. Austriacy zajmując Zamość utworzyli tu duży garnizon, lokując żołnierzy po prywatnych kwaterach, a także w zajętym szpitalu kolegiackim, następnie również w zabudowaniach po skasowanych instytucjach kościelnych. Od 1809 garnizon liczył zazwyczaj ok. 2 tys. żołnierzy. Oprócz kwater dla oficerów i żołnierzy potrzebne były szpitale, kuchnie, magazyny, stajnie, to też w krótkim czasie poza 4 zespołami klasztornymi, kościołem i probostwem ormiańskim, zajęto także pałac, akademię, ratusz, seminarium, kilka kamienic (ul. Staszica 3), oraz kilka mniejszych budynków. Użytkowane w ten sposób ulegały dewastacji i niektóre z nich rozebrano (kościół ormiański, klasztor reformacki i franciszkański, kamienica w Rynku).
W 1818 w mieście znajdowały się koszary piechoty na 1200 żołnierzy (b. akademia), koszary artylerii polskiej garnizonowej na 120 żołnierzy i 4 oficerów (ob. w tym miejscu poczta), koszary artylerii rosyjskiej garnizonowej na 120 żołnierzy i 4 oficerów (budynek u zbiegu ul. Grodzkiej i Łukasińskiego), kwatery dla oficerów wyższych (pawilony pałacowe) i kwatery dla oficerów (oficyny pałacowe), siedziba 8 oficerów inżynierii (d. seminarium), dawne magazyny owsa (d. kościół franciszkanów), siana (d. kościół ormiański) i żywności (d. kościół reformatów), szpital wojskowy z apteką na 120 chorych (d. kościół i klasztor klarysek),  dwie piekarnie (tamże), 2 kuchnie (d. starostwo), stajnie (vis a vis Kolegiaty). Ponadto odwach główny na 40 aresztantów (ratusz), więzienie główne i areszt dla 18 osób (Brama Szczebrzeska), areszty po 18 osób (Brama Lwowska i Brama lubelska).
Powstały również nowe obiekty forteczne, przede wszystkim olbrzymie nadszańce - w jednym z nich w 1828 przebywało 380 żołnierzy. Sporo żołnierzy kwaterowało w pomieszczeniach wybudowanych przy nowych bramach, oraz w obszernych kazamatach. W 1848 łącznie do wojska należały 22 budynki. Przed poł. XIX w. powstały prochownie za pałacem, w jednej później piekarnia wojskowa (nie istnieje - ul. Królowej Jadwigi). Ok. poł. XIX w. powstała stajnia kozacka przy ul. Łukasińskiego 5a, po wojnie kaszarnia i kuźnia kozacka (ul. Bazyliańska 2, rozebrana). W l. 70. XIX w. w miejscu późniejszego Domu Centralnego stanęły dwa wojskowe magazyny: żywnościowy i artyleryjski.
Zbudowano też drewniane tzw. "kazarmy" na Nowej Osadzie spłonęły w 1899, cz. odbudowane (rozebrana 2001) i "kazarmy" za Janowicami Dużymi, pośród łąk na wyniesieniu dawnej reduty, która mieściła kwatery dla kilkudziesięciu żołnierzy (Górny Śląsk); później prywatne koszary Lewina, które paliły się w 1894.  Zabudowania wojskowe stały też w Wólce Infułackiej.
Po kasacie wojsko oddało ratusz, gmach akademii i seminarium. W 3 ćw. XIX w. powstała łaźnia i pralnia wojskowa (Rynek Solny, później m.in. mleczarnia, ob. pracownia PLSP), w l. 80. XIX w. przy drodze Szczebrzeskiej na Podgroblu folwark wojskowy (ob. w pozostałym budynku mieści się pralnia), stajnia (ul. Partyzantów 2 - przed Bramą Lwowską, ob. sklep) oraz kancelarie (w tym miejscu hotel "Renesans") i magazyn artylerii (tu gdzie Dom Centralny).
Koszary z prawdziwego zdarzenia powstały dopiero na pocz. XX w. (Koszary rosyjskie i Koszary kozackie).
W czasie okupacji austriackiej wojsko czasowo zajęło Akademię i kilka innych obiektów (podobnie w czasie II wojny światowej), lecz w 1918 władze wojskowe zwolniły kościół reformacki, pałac i jeden z nadszańców (w płd. koszary im. W. Łukasińskiego), a później gmach pofranciszkański (jeszcze w 1920 batalion 109 p.p.).
Ostatnim obiektem wojskowym w mieście była od l. 20. XX w. mieszcząca się przy ul. Grodzkiej 2 Powiat. Komenda Uzupełnień (do 1918 koszary, a wcześniej - przed przebudową - domy parafii ormiańskiej), przeniesiona na ul. Orlicz-Dreszera 10 (tam 1954-93 Komenda Uzupełnień, a później także Wojew. Sztab Wojskowy).
Wojsko doraźnie zajmowało cywilne obiekty, było tak w 1939 i 1944, gdy zajmowano je na szpitale. Niekiedy trwało to dłużej i tak kamienicę Jana Marciniewicza przy ul. Orlicz Dreszera 18 użytkowano najpierw jako szpital WP (XII 1944 - IX 1945, potem do VII 1946 przez Armię Czerwoną. Drewnianą szkołę nr 3 w 1940 zabrali Niemcy na koszary dla lotnictwa.
Wojsko posiada w Sitańcu-Wolicy poligon o pow. 186 ha - plac ćwiczeń taktyczno-wojskowych, współcześnie zamojski batalion posiada tam strzelnicę, plac treningów ogniowych, rzutnię granatów bojowych, tor taktyczny.

 * Zabudowania wojskowe wg spisu "dymów" z 1846 - Pałac z 8 pawilionami zajęty na lazaret i kwatery sztabsofficerskie (49 kominów), 31. Zamojski ordynanshaus (4), 32. Dom inżynierny (4), 33. Dom po b. urzędzie pocztowym (5), 41. Koszar żandarmskie (2), 43. Dom na kwaterunek officerów (3), 44. Officerskie koszary (21), 49. Artylleryjska kuchnia (3), 51. Koszary artylleryi (7), 75. Koszary wojenno-robocze (11), 99. Kuchnia artyleryjska (2), 108. Koszary garnizonowe i kuchnia (3), 116. Kawaler nr 1 (9), 117. Kawaler nr 2 (9), 118. Brama lubelska (3), 119. Brama lwowska (6), 120. Brama szczebrzeska (3), 122. Budki pod wałami i dom na […] (16)