Zawiązki organizacji wojskowej powstały w zajętym przez Niemców mieście już na pocz. X 1939, gdy na czele Służby Zwycięstwu Polski stanął Robert Gierczak. W początkowym okresie okupacji, przeważnie krótkotrwale, istniały w mieście organizacje konspiracyjne:
 - "Piątek" (1939-40),
 - "Muszkieterzy" (1939-42, siatka przejęta przez ZWZ-AK, kontakt Józef Sędziak),
 - "Wolność i Demokracja" (1940),
 - Organizacja Obrońców Polski (1941),
 - Narodowa Organizacja Wojskowa (1941) szef wydz. organizacyjnego na okręg zamojski H. Fedorowski-Gawryś),
 - "Klon" (1941, Konsolidacja [L] Obrońców Niepodległości, na czele z inż. Orzechowskim),
 - "Miecz i Pług",
 
- Organizacja Wojskowa "Unia" (1940 - III 1942), scalona z ZWZ AK,
 
- NSZ (d-cą placówki Zamość kolejno Marian Wójcik ps. "Halina", Zdzisław Kazanecki ps. "Adrian", Dobrzański ps. "Wikler", posiadała szkołę podchorążych z 20 słuchaczami),
 - grupa płk. Zdzisława Maćkowskiego, który z Tadeuszem Gumińskim opracowywał "Wiadomości Radiowe", wg I. Pacewicz "Biuletyn Informacyjny",
 - Komenda Obrońców Polski (utworzona w Lublinie, siatka w Zamościu na przełomie 1939/40), jej współtwórcami byli Antoni Tracz i  Michał Wazowski - pierwszy komendant, następnym Henryk Borucki (aresztowany 1941). W 1940 wzmiankowana byłagrupa ZWZ Józefa Guta z ul. Narutowicza.
Przy końcu 1939 z inicjatywy Z. Maćkowskiego w młynie Kahana powołano Zarząd SL na powiat (Jan Denkiewicz). W 1940 także u "Kahana" powstała grupa konspiracyjna "Rocha", punkt kontaktowy ul. Kolejowa 7 (diedziba plantatorów tytoniu)której później jako BCh stan osobowy w Zamościu wynosił 20 (1942), a w 1944 do 200 osób. Zamość był siedzibą podokręgu IV (komendant Edward Michoński ps. "Lis") i wchodzącego w jego skład obwodu 15 (Władysław Wyłupek "Warta", od 1944 Michał Polak ps. "Łyś", "Żelazny"), oddziałem specjalnym przy obwodzie dowodził Aleksander Soboń ps. "Wicher".
Od II 1941 była już Delegatura Powiat. RP, a 15 III zaprzysiężony został delegat rządu. W 1942 powstał Powiat. Korpus Bezpieczeństwa - siły policyjne konspiracyjnego starostwa (komendant Antoni Pankiewicz "Derwisz", od IV 1944 Feliks Petryk "Kmieć"). Koncentracja sił policyjnych, konfidenci, bezwzględny odwet sprawiły, że komendy organizacji podziemnych przeniosły się do okolicznych wsi (koniec 1942), a w mieście były tylko miejscowy AK-owski garnizon (ok. 150 zaprzysiężonych osób) i punkty kontaktowe (AK, BCh).
W mieszkaniu Rybińskich na Karolówce był punkt wypadowy zamojskiej "trzynastki" - Oddziału Dywersji Bojowej do zadań specjalnych (m. in. likwidacja konfidentów, rekwizycje), ruchliwym punktem było też mieszkanie kolejarza Władysława Zalejskiego, kwatery konspiracyjne mieściły się też u Jana Składnika (ul. Wyszyńskiego), Danielewiczów (ul. Ogrodowa), Wacława Stefanka (ul. Orlicz-Dreszera), Jana Koziołka (ul. Jasna), Gutów (ul. Narutowicza), Kazimierza Kalety (ul. Powiatowa), Aleksandra Begiełły (ul. Zacisze), Jana Mazura (ul. Oboźna), w młynie (ul. Hrubieszowska). W działalność konspiracyjną angażowali się byli pracownicy różnych instytucji i urzędów, m.in. policjanci, pracownicy więzienia, kolei i koszar, arbeitsamtu, urzędu przesiedleńczego, drukarni, wydziału finansowego. Punkt kontaktowy Stronnictwa Ludowego znajdował się w biurze Związku Plantatorów Tytoniu przy ul. Kolejowej 7 (Józef Juś, Stefan Tor, Weronika Waśko, później Aleksander Krupa). Czynna była podziemna służba zdrowia - zaprzysiężeni lekarze, felcerzy, pielęgniarki i służba pomocnicza (przeważnie dziewczęta starszych klas licealnych - przechodziły szkolenie w szpitalu na chirurgii, zakresie I pomocy, a faktycznie jako sanitariuszek w akcjach bojowych).
Uprawiano dywersję na drobną skalę - np. chłopcy dziurawili beczki z benzyną w transportach kolejowych do koszar. 18 I 1942 na polecenie partyzantów pożar w firmie Baulaitung de Luftwaffe spowodował pracujący tam kierowca - spłonęło kilka samochodów, magazyn części i oleju. Bronisław Bogdanowicz w uzasadnieniu do ZBoWiD pisał, że był tam kierowcą - woził do partyzantów benzynę, oleje.
W XII 1942 powstał w Zamościu pluton dywersyjny, a dowodził nim Zygmunt Zakrzewski, potem kolejno Józef Zalejski, Zygmunt Będziejewski i Leon Mojzes. Wśród wykonawców wyroków był J. Grygiel. W 1943 likwidowano w mieście konfidentów. 25 V na balkonie (ul. Piłsudskiego 29 - dom dziś nie istnieje) zasztyletowano najsłynniejszą agentkę gestapo 32-letnią Irenę Kuncewiczową. Konfidenci ginęli też 20 V (trzech), w VI (fryzjer z Nowego Miasta), 3 IX i 15 XI 1943, 1 III 1944 (trzech). W VII 1944 przy ul. Ormiańskiej zastrzelono rankiem inną konfidentkę, pochodzącą z Poznańskiego Danutę Wojciechowską, ekspedientkę w sklepie papierniczym.
Wśród zastrzelonych (M. Bojarczuk wymienia 17 osób, w tym 7 kobiet) byli też dwaj wywiadowcy policji, fryzjer, restauratorzy. Zastrzelono także majora SS Langego z Komisji Wysiedleńczej i miejscowego komendanta żandarmerii (w Józefowie), żonę komendanta jednostki wojskowej. Doszło też w 1942 do tragicznej omyłki i zastrzelenia niewinnej 21-letniej Zofii Maciejewskiej (zamiast właścicielki mieszkania Zofii J.). Zorganizowano kilka akcji uwolnienia więźniów (osobne hasło: Ucieczki). Dokonywano konfiskat: 31 III 1941, X 1941. W 1944 w okolicach Zamościa (Płoskie) wysadzano tory, wykolejano pociągi (13 IV, 17 V, 27 V - dwukrotnie, 4 VI 1944). W XII 1945 UB aresztowało całą sieć wywiadowczą - kilkanaście osób, m.in. St. Sobieraja, Władysława Kolbuszewskiego, Leokadię Lewicką.
Zamościanie walczyli również poza krajem, m.in. pod Monte Cassino (Bitwa pod Monte Cassino), w Anglii (Lotnicy zamojscy) i Holandii. W Zamościu mieszkało wiele osób związanych armią Andersa (Andersowcy).

W VI 1941 powołano Inspektorat Zamojski obejmujący 4 powiaty.
komendanci inspektoratu: do XII 1942 mjr Franciszek Żak "Inżynier", "Zuzia", I 1943 - VI 1944 mjr Edward Markiewicz "Kalina", "Jurand", VII - XI 1944 mjr Stefan Prus "Kmita", "Adam", "Maria", XI 1944 - I 1945 kpt. Antoni Pstrocki "Wacław";
komendanci obwodu (powiat): XI 1939 - VIII 1940 ppor. Robert Gierczak "Robert", IX 1940 - II 1943 kpt. Stefan Prus "Kmita", "Adam", "Maria", III - IX 1943 kpt. Wacław Stasiewicz "Bartosz", IX 1943 - V 1944 por. Stanisław Książek ps. "Wyrwa", V - VII 1944 ppor. Michał Polak "Norweg", "Łyś", "Żelazny";
komendanci rejonu (miasto): wiosna 1940 kpt Zygmunt Pomarański "Brzózka", od V 1941 por. Antoni Rychel "Rymwid", 1941 ppor. Bartłomiej Czerwieniec "Jerzyk", koniec 1941 - III 1942 Edward Harczuk "Marek", III 1942 - IV 1943 Stanisław Wąsek "Gustaw", V - IX 1943 ppor. Jan Lewicki "Florian", "Walka", do VII 1944 ppor. Stanisław Sobieraj "As".

 * Komenda obwodu zamojskiego SZP w 1939 - d-ca ppor. Robert Gierczak "Robert", z-ca por. Józef Maślanka "Rotecki" (d-ca kompanii 9 p.p.), oraz ppłk Eugeniusz Górny "Doktor", płk Zdzisław Maćkowski "Józef", kpt rez. Zygmunt Pomarański, por. rez. Antoni Rychel "Rymwid" i Henryk Rosiński.
 * W Bet Dżobrin (płd. Izrael), gdzie w czasie wojny stacjonował II Korpus WP, w grocie na malowidłach sprzed 4 tys. lat odkryto napis: Stanisław Krzepicki z Zamościa, tęskni do domu
 * Od 1941 byłam łączniczką Sztabu Inspektoratu Zamojskiego AK.
(...) Każdy dzień w naszym mieście przeżywałam wówczas w napięciu i stałym zagrożeniu. Przenosiłam meldunki i rozkazy, wykradałam z niemieckiego urzędu, gdzie pracowałam, różne wiadomości, uprzedzałam zagrożonych i wymykałam się z łapanek. Dopiero po wyzwoleniu uzmysłowiłam sobie jak wielu nas walczyło z wrogiem (Halina Kazanecka z d. Składnik, ps. "Wiśka")
 * Było i tak - W III 1943 na terenie miasta powstała organizacja Wojsko Polskie do Walki z Niemcami, dowódcą na Zamość został ob. Pęcakowski. Otrzymałem tytuł Komendanta Policji Wojskowej na teren m. Zamościa i zadania wywiadowcze. Działalność przerwano bo gestapo aresztowało dowódcę i wsypał wszystkich z mojej piątki (Ignacy Wnukowski).
 * Szefem placówki wywiadu AK "ZOO" był Marian Krzewski ps. "Sas", mieściła się na stacji benzynowej obok ogrodu zoologicznego, on mieszkał w kamienicy Flisa przy ul. Partyzantów. W jego grupie działali T. Zaremba i A. Gustaw.