Założona została w XVII w., a kanały miały wymiary 90x80 cm. Ich wyloty prowadziły do fosy - jeden z nich przejazdem nieczynnej ...Bramy Lubelskiej (inny widoczny na obrazie "bukowińskim") i starego koryta Topornicy tzw. kluwetu. W XVIII w. ujścia miejskiego i pałacowego rynsztoku (odprowadzanie fekaliów) znajdowały się pod Bramą Szczebrzeską. W 1822 w miejsce dawnego systemu odprowadzania nieczystości, powstały nowe ścieki (z drewna po dawnych kanałach - mostki przejazdowe). Ich ceglane relikty znajdują się poniżej 2 m obecnego poziomu na ul. Bazyliańskiej, Moranda, Staszica, wys. 170-180 cm.
W 1864 nieczystości odprowadzano 8 murowanymi kanałami ściekowymi, zaopatrzonymi w żelazne kraty. W 1874 zaczęto porządkować kanały ściekowe. W 1876 wybudowano kanał odprowadzający nieczystości i wody opadowe do rzeki. Oczyszczanie kanalizacji odbywało się za pomocą śluzy spiętrzającej wodę rzeczną wpływającą do tego kanału. Kilka lat później 3 ulice staromiejskie nadal nie posiadały kanalizacji. W 1886 pisano wyborna kanalizacja została oczyszczona i wyrestaurowana, ale tylko dla wody deszczowej. Natomiast w 1892 - Równe ścieki i świetnie skanalizowanie "en miniature" domów, czyni wrażenie, że to nie miasto powiatowe. Wg gazety z 1909 rynsztoki posiada Zamość wyłącznie dla ścieku wody deszczowej, gdyż miasto jest skanalizowane i nieczystości są wlewane w urządzone na na ten cel t.z. "syfony", z których przez kanały podziemne zciekają do zamiejskiej rzeki Topornicy ("Dzień" z 9 I 1909). Wzmianka z 1958 mówi o kanałach z przed pół wieku.
W 2006 w podziemiach ratusza odkryto prawdopodobnie XVII-wieczną cysternę (2,7 x 2,7 i głęb. 5,1 m) zbierającą wody deszczowe, z elementami pomostu do czerpania wody i otworu do jej wybierania.
Przed wojną powstał kolektor ściekowy A dla Starego Miasta. W 1938 skanalizowane było Stare Miasto (ok. 2,5 km ulic - bez ul. Staszica), oraz ul. Partyzantów (NBP - Młyńska, 1,5 km), częściowo ul. Piłsudskiego, Sienkiewicza (ul. Partyzantów - rzeka), Sadowa (szpital - rzeka), Al. WP i Wiejska; był również ściek otwarty (ul. Spadek - Waryńskiego - Młyńska - rzeka).
W 1960 na 2459 budynków w mieście kanalizację miały tylko 103 domy! Na Starym Mieście siecią typu ogólnospławnego w 1962 podłączonych było tylko 15 budynków, 1970 - 36. Na pocz. l. 60. powstał kolektor przy ul. WP. W 1969 do Łabuńki i Czarnego Potoku ścieki odprowadzało 7 zakładów. W 1963 przykryto kanały na ul. Młyńskiej, Waryńskiego i Spadek.
W X 1969 nastąpił rozruch, 31 XII oddano do użytku powstałą w ciągu 7 lat miejską oczyszczalnię ścieków. W 1969-73 wybudowano oczyszczalnię mechaniczną o przepustowości 17,4 tys. m3 na dobę, do której odprowadzano ścieki miejskie. Wkrótce była już 2-krotnie przeciążona, powodując zanieczyszczenie Łabuńki. Wody opadowe w większości spływały bezpośrednio do rzeki. Długość sieci (km): 1960 - 10,5, 1966 - 13, 1970 - 17,5, 1973 - 28,5, 1975 38,4 (289 połączeń), 1976 - 38,9 (312 połączeń), 1979 - 41, 1980 - 41,5 (312 połączeń), 1983 - 56,7, 1986 - 64,3 (544 połączeń), 1989 - 76,7 (752 połączenia), 1991 - 81,1 (860 połączeń), 1992 - 21,3 ogólnospławna i 60,5 sanitarna (7 kolektorami od A do G ścieki odprowadzano do wspomnianej, mało skutecznej oczyszczalni - nazywanej mieszalnią ścieków - skąd trafiały do Łabuńki), 1995 - 96,4 (1462 połączenia), 1997 - 107,4 (1597 podłączeń), 1998 - 110,8, 2002 - 121,7 (2485 przyłączonych obiektów) oraz 61 km sieci kanalizacji burzowej. Korzystało z niej mieszkańców: 1968 - 37%, 1970 - 43,8%, 1975 - 53%, 1977 - 58,5%, 1980 - 64,5% (6010 mieszkań), 1983 - 71%, 1986 - 74,9%, 1989 - 76,3%, 1995 - 80% mieszkańców.
W 1990 do Łabuńki po mechanicznym podczyszczeniu trafiało 18 tys m3 ścieków na dobę. W 1992 z 5,5 mln m3 ścieków - 3,2 mln dostarczały gospod. domowe, 1 mln zakłady przemysłowe (jeszcze w końcu l. 80. ponad 3 mln), reszta opady. W 1998 skanalizowano Zamczysko i Janowice, na ukończeniu jest budowa sieci na Karolówce, a nie posiada jej tylko Majdan, osiedle Rataja i ...środek miasta (między Nowym i Starym Miastem).
W 1983-95 powstała jedna z nowocześniejszych w Polsce - mechaniczno-biologiczna oczyszczalnia ścieków (osobne hasło) o przepustowości 28 tys. m3 na dobę, w starej 12 tys. (zamknięta 7 XI 1995).

Najwięksi płatnicy podatku za kanalizację (1948)

 * W 1857 inż. komunikacji lądowych i wodnych pow. zamojskiego Leduchowski opracował program prac naprawy ulic i rynsztoków itp oraz dopilnował wykonania tych prac.
 * W 1981 część ścieków odprowadzano do Łabuńki. Jednak te przechodzące przez oczyszczalnię też nie były takie czyste. Wyłapywała ona brudy pływające, a więc butelki, szmaty, papier, piasek. Za sprawą osadnika drobniejsze i lżejsze też powinny być ze ścieków eliminowane, nie są, ponieważ zamiast 2 godz. osadzanie z konieczności trwa 30 minut. Z najgroźniejszymi nieczystościami rozpuszczonymi w wodzie oczyszczalnia nie radziła sobie.
 * Zygmunt Nowakowski (aktor "Reduty", felietonista) -  Znacznie później zauważyłem fakt niezwykły - Zamość ma bruki! Co więcej - autentyczne, a stare kanały... Wierzyć się nie chce. (...). Takie to oryginały w tym Zamościu: mieszkają w byłym Królestwie i  mają kanalizację. Porządek panujący w mieście musi pozostawać w pewnym związku z kanałami. Bo od tego drobiazgu zaczyna się wszelki postęp... ("Ilustr. Kurier Codzienny" 1930 nr 179).