Urząd związany z Zamościem poprzez założyciela miasta Jana Zamoyskiego. Kanclerzami koronnymi byli jeszcze dwaj ordynaci II i X). Urząd kanclerza występował również w Akademii Zamojskiej. Byli nimi biskupi chełmscy. Godność tę piastowało 22 biskupów, pierwszym był ks. bp Stanisław Gomoliński, najdłużej, przez 19 lat ks. bp. Stanisław Święcicki.
Urząd kanclerza powrócił wraz z utworzeniem diecezji zamojsko-lubaczowskiej (ks. Franciszek Greniuk, kolejnym ks. Adam Firosz i od 2013 ks. Michał Maciołek) kolejni z powstaniem szkół wyższych, najpierw w 1997 WSZiA (Jan Andreasik, następnie Janusz Różycki, Boguslaw Klimczuk), WSH-A (Teresa Jaskulska, Marek Ciastoch, Aneta Chmielewska-Mazur, Ewa Lipczyńska), PWSZ (Jerzy Korniluk). W 1999-2001 kanclerzem Loży Zamojskiej BCC był Janusz Palikot.