Wspólnym przodkiem Jego matki Emilii z Kaczorowskich i znanej w Zamościu od 2 poł. XIX w. rodziny o tym nazwisku był Mikołaj Kaczorowski ze Szczebrzeszyna. Pierwszy raz był tu jako ksiądz, poszukując zaprzyjaźnionego ze swoim ojcem w czasie służby wojskowej Michała Nowackiego (osobne hasło). Wówczas to w sobotę na przełomie V/VI 1949 odwiedził p.p. Wiącków (nocował na poddaszu domu przy ul. Radzieckiej 14) i odprawił w Kolegiacie mszę św. przed obrazem MB Częstochowskiej, a na krótko zawitał jeszcze rok później (był na Rotundzie). 22 X 1966 na krótko zatrzymał się tu jako arcybiskup, podróżując z Lublina do Lubaczowa. 5 lat później ponownie znalazł się w Zamościu, będąc w drodze do Tomaszowa. W kronice parafialnej zapisano: Dnia 7 VIII 1971 przybył J.E. Karol Kardynał Wojtyła, Metropolita Krakowski (...). Po zwiedzeniu Kolegiaty i Rynku Starego Miasta, ks. kan. Zawisza podejmował czcigodnych gości czarną kawą. Po dwóch godzinach pobytu w Zamościu, księża biskupi odjechali (zaginęły unikalne zdjęcia). Po tym wypadało już tylko odwiedzić Zamość jako papieżowi, co stało się w 1999. 11 lat wcześniej (dokładnie tego samego dnia) przy Kolegiacie odsłonięto pomnik Jana Pawła II. Wcześniej pielgrzymowanie do Ojca Świętego rozpoczęli zamościanie.
23 III 1981 doszło do pierwszej, historycznej audiencji prywatnej, gdy papież przyjął 94 pielgrzymów pod przewodnictwem ks. kan. Jacka Żórawskiego i ofiarował Kolegiacie świecę-paschał. Padły wtedy znamienne słowa, w których Ojciec Święty polecał Bogu nasze miasto Zamość, historyczne miasto, miasto z wielką przeszłością, miasto ważne w dziejach Ojczyzny i Kościoła, a ks. Czesław Galek wyrzekł: Ojcze Święty zapraszamy do Zamościa, na co usłyszał: Starajcie się, przyjadę.
26 VII 1990 przyjął na prywatnej audiencji pielgrzymkę kolegiacką, przekazując osobiście podpisane błogosławieństwo dla pracy i posługi temu miastu, które odwiedził - jak powiedział - jeden raz w swoim życiu, jeszcze jako biskup (?!). 16 X 1998 podczas audiencji bpa M. Leszczyńskiego, żartobliwie upewniał się To mam przyjechać do Zamościa w przyszłym roku? Oficjalnie przyjazd papieża do Zamościa ogłoszono 10 I 1999 listem pasterskim. Na spotkanie z Ojcem Świętym wybrano tereny w pobliżu kościoła p.w. MB Królowej Polski.
Papieski śmigłowiec wylądował w Mokrem 12 VI 1999 o 17.31, odleciał o 19.55. Te 144 minuty były bezsprzecznie zamojskim - "WYDARZENIEM TYSIĄCLECIA". Wśród 57 miast w Polsce odwiedzonych na pielgrzymkowych szlakach Zamość był miastem 51 z kolei.
Wcześniej 26 IV 1999 Ojcu Świętemu nadano Honorowe Obywatelstwo Zamościa (jedno z 22 miast). W Zamościu upamiętniony jest też dwoma pomnikami (od 1988 przy Kolegiacie, wówczas jeden z 39 w Polsce, od 2005 przy kościele MB Królowej Polski), szpitalem (4 w Polsce) i od 2001 ulicą, od 2003 gimnazjum (nr 3 - ul. Orzeszkowej), od 2019 skwerem. Ponadto są 4 tablice pamiątkowe. Więcej dowodów pamięci jest zaledwie w kilku miastach. Ukazały się dwie książki Janusza Kawałki o wizycie Papieża w Zamościu (1999, poszerzone wyd. 2006). W rocznicę wizyty obchodzony jest Dzień Papieski (2007 - oratorium Piotra Rubika, Jerzy Zelnik).
Od wspomnianej pielgrzymki z 1981 Jana Pawła odwiedziły dziesiątki zorganizowanych grup z Zamościa, wiele setek zamościan, niektórzy kilkakrotnie, i jeszcze kilkakrotnie zamieniając z papieżem kilka słów Anna Brzezicka (osobne hasło). Były m.in. rowerowe pielgrzymki z 1984 zorganizowana przez redemptorystów (22 osoby) i 1999 (osobne hasło: Globtrotterzy).
Pamiątki: w katedrze - klęcznik na którym modlił się papież w Katedrze, od 2008 sutanna ofiarowana przez abpa Mokrzyckiego, w muzeum diecezjalnym fotel na którym siedział w Zamościu (z drewna jesionowego, dębowego, z gruszy i czereśni, wyk. Stanisław Juszczak). Od 2019 Skwer św. Jana Pawla II

 * Podczas historycznego, pierwszego spotkania papieża Jana Pawła II z zamościanami 23 III 1981 mszę św. koncelebrowali z Nim, ks. S. Dziwisz, ks. bp R. Karpiński oraz trzej zamojscy księża ks. J. Żórawski, ks. J. Romańczuk i ks. Cz. Galek. Na zakończenie modlitwy "Anioł Pański" Ojciec św. zwrócił się do Polaków - Jeszcze raz pragnę pozdrowić pielgrzymów z Zamościa. Ufam, że z dnia na dzień przez pobyt w Wiecznym Mieście, obcowanie ze świadectwami początków kościoła i chrześcijaństwa, pogłębia się Wasza wiara. I tę pogłębioną i umocnioną wiarę zabierzcie ze sobą, do naszej Ojczyzny, gdzie bardzo trzeba wszystkim głębokiej mocnej wiary.
 * 10 I 1999 wśród 19 niemowląt z całego świata ochrzcił Weronikę Wronowską z Zamościa.