Zespół akt Kolegiaty znajduje się Archiwum Państwowym w Lublinie (527 j.a., 3,6 mb). Zawiera: Dokumenty erekcyjne, indulty odpustowe 1600-1894 (27 j.a.), Zarządzenia władz duchownych i cywilnych 1607-1911 (16), Wizytacje biskupie 1682-1817 (1), Akta dotyczące spraw majątkowych 1600-1908 (276), Akta kapituł generalnych 1658-1884 (5), Akta kapituły mniejszej [wikariuszy] 1770-1791 (1), Akta dotyczące kaplic i bractw XVII-XIX w. (10), Akta dotyczące duchowieństwa XVII-XIX w. (34), Akta dotyczące seminarium [1572-]1639-1784 (23), Inwentarze kolegiaty, kaplic 1703-1880 (13), Akta dotyczące Akademii Zamojskiej 1589-1787 (16), Akta dotyczące szpitali zamojskich 1591-1813 (42), Akta dotyczące kościołów i kultu 1740-1807 (26), Sumariusze dokumentów i akt XVII-XVIII w. (22), Wykazy książek bibliotek kolegiackiej i kapitulnej XVII-XIX w. (2), Księgi formularzy i akta dot. kancelarii 1713-1880 (8), Księgi urodzeń, małżeństw i zgonów parafii kolegiackiej 1776-1917 (23). Akta Kolegiaty są również przechowywane w Archiwum kapituły Kolegiaty w Zamościu.