Zamość powstał na skrzyżowaniu szlaków handlowych i w pierwszym okresie istnienia był ważnym ośrodkiem handlu międzynarodowego. W przywileju lokacyjnym miasto otrzymało prawo składu, liczne jarmarki, mieszkańcy zwolnienie od ceł, myt i targowego. Przejeżdżający kupcy musieli tu przez trzy dni wystawiać swoje towary. Powstały magazyny. Przybyli do Zamościa kupcy ormiańscy, greccy, żydowscy, pod protekcją ordynatów prowadzili handel na duża skalę, rywalizując skutecznie z Lublinem i Lwowem. Przywilej królewski z 1661 zwalniał nawet zamojskich kupców z obowiązku składu we Lwowie. Docierali oni do Lipska, Gdańska, Wrocławia, Amsterdamu, Londynu, Konstantynopola, Wenecji, Lizbony, Damaszku. Kupcy stamtąd bywali w Zamościu. Handlowano przede wszystkim wschodnimi towarami - głównie tkaninami (Ormianie). Jednocześnie kupowano w Zamościu np. po 5 tys. sztuk skór safianowych. Winem handlowali najpierw Grecy, potem Węgrzy, Anglicy i Szkoci (miesięcznie do 150 beczek przez Zamość), ci ostatni też korzeniami. Miał tu jedną z 6 filii bogaty toruński kupiec-hurtownik Edward Samuel (faktorię dla eksportu i importu różnych towarów). O skali transakcji świadczy przykład z 1678, gdy zamojski kupiec Andrzej Dewison nabył od Żyda z Sokala szafranu i towarów kolonialnych za 5700 zł.
Ważną rolę odgrywał Zamość w handlu wołami, pośrednicząc między wschodem i zachodem Europy.
Na większą skalę prowadzono też handel solą. Zamość należał wówczas do 8 najważniejszych miast w handlu dalekosiężnym (obok Gdańska, Torunia, Elbląga, Krakowa, Poznania, Lublina i Lwowa), dla wspaniale prosperującego handlu tranzytowego zwany niekiedy małym Gdańskiem.
Pod koniec XVII w. handel na wielką skalę uległ zahamowaniu. Chociaż opuścili miasto bogaci kupcy ormiańscy i żydowscy, to jednak Zamość nadal pełnił rolę znaczącego ośrodka handlowego w tej części Rzeczypospolitej. Jednak po Wojnie Północnej rola handlowa miasta ograniczy się już tylko do lokalnego rynku. W XVIII w. handel opanowali miejscowi Żydzi (w 1732 otrzymali zgodę na handel w niedzielę). W 1764 na prośbę kupców chrześcijańskich (3 handlowało winem węgierskim, 2 francuskim, po 1 korzeniami i żelazem) ordynat nadał im wyłączność handlu suknem, żelazem i zamorskimi przyprawami, a także miodem pitnym. Żydzi mieni zapasy zlikwidować, względnie wynieść się z Zamościa. Zamoyski czynił jednak wyjątek, o ile kupcy nie byli w stanie otworzyć 3 sklepy danej branży. Po zaborze przez Austrię powstał nowy kierunek handlu - Triest (m.in. stamtąd cytryny), sprowadzano jeszcze wina z Damaszku i Węgier. Był tu Urząd Celny i Tabaczny, duże składy soli. W 1775 właściciele kramików w podcieniach płacili 1 gr tygodniowo.
Zmiany w handlu spowodował napływ wojska, a za nim konkurujących z miejscowymi kupcami markietanów, którzy szynkowali winem, miodem i wódką, używali rzezi bydła, cieląt i wieprzów. W czasach austriackich powstał Urząd Celny i Tabaczny.
W ciągu trzech lat (1791-93) specjalnie do Zamościa przyjechało 74 kupców, a 81 zatrzymało się tu tranzytem. Na trakcie przed wjazdem płacili mostowe i grobelne (3 gr od wołu i konia w ciężarze idącemu, a luzem, lub stadem 1 gr), w mieście targowe (1-6 gr), ponadto kramarze i przekupki od wychędożenia śmieci (1 gr). W czasach Księstwa Warszawskiego na rozwój handlu miało wpływ wojsko. W X 1809 trzej kupcy "bławatni" podpisali umowę z 1 p.p. wojsk galicyjsko-francuskich na dostawę 7 tys. łokci sukna szaraczkowego na spodnie i 2 tys. łokci czarnego na kamasze dla wojska, a następnego roku dla 13 p.p. na 1000 koszul i 1000 trzewików.


* Kawa, cukier, Herba The
dla mnie i dla gościa.
Kosztują, czyli z Lwowa,
czyli to z Zamościa

      Benedykt Chmielowski Nowe Ateny

* Z prognostyku  (Kalendarz z 1721) - miastu nadano Niepospolite y wszem  przywileje (Niech  tylko wszytko według nich się dzieje) Kupcy Zamoyscy wolny przeiazd maią z towarem wszędy, ani myta daią
 * Przekupki i kramikarze wybiegali skoro świt na przedmieścia aby kupić taniej żywność i potem po często wygórowanych cenach. Magistrat  w 1778 zakazał kupować na przedmieściach przed 10-tą rano, ale nic to nie zmieniło.