Austriacy ściągnęli do Zamościa znaczną liczbę wojska tak, że trzeba było zająć opuszczone klasztory i inne budowle. Stały tu 3 kompanie i sztab cesarskiego pułku piechoty, a przez pewien czas rezydował gen. brygady (z garnizonu zdezerterował w 1802 znany później aktor Zygmunt Anczyc). Przed oblężeniem w 1809 stan garnizonu podwyższono do 4 tys. - w znacznej części byli to rekruci, a także 27 huzarów. Były to dywizjony pułków piechoty: 23. "Grossherzog von Toskana" (potem (Wurzburg") i 55. "Graf Murray" (od 1803 "Reuss Greiz"). Komendantem był płk baron Ferdynand von Csesalva Pulszky, który do dyspozycji miał jeszcze dywizjon wittemberskiego pułku z Lublina i 3 kompanie piechoty wołoskiej ze Lwowa i oddział artylerii (50 dział).
Po zdobyciu miasta przez wojska polskie zorganizowany został 2 p.p., w krótkim czasie 10 VI czasie zastąpiony 13 p.p., złożonym z jeńców i dezerterów (m.in. Francuzi, Włosi, Niemcy, Litwini), ubranych w przerobione białe mundury austriackie i stacjonującym tu do 1813.
Wg stanu z 1 III 1813 garnizon stanowiły: 3 bataliony 13 p.p. i 1 batalion 6 p.p., 13 i 17 kompania artylerii, 3 i 5 kompania weteranów, oddział saperów i oddział jazdy (łącznie 137 oficerów i 3616 podoficerów i żołnierzy) oraz sztab twierdzy złożony z 10 oficerów i 49 urzędników, na czele z "gubernatorem twierdzy" (gen. M. Hauke) i poddyrektorami inżynierii i artylerii. Na początku oblężenia były też 393 konie. W 1814 Rosjanie lokują tu Biełożerski p.p. Zwykle stacjonowało ok. 2 tys. żołnierzy, w czasach gotowości bojowej znacznie więcej. W 1815-31 w Zamościu mieściły się sztaby 2 Dywizji Piechoty , jego 3 Brygady piechoty oraz sztaby wchodzących w ich skład 2 i 4 pułku strzelców pieszych (cztery tworzące je bataliony w 1830 rozlokowane były w okolicznych miejscowościach).
27 IX 1830 w twierdzy przebywało 4755 wojskowych, w tym 2 generałów (komendant twierdzy i dowódca 2 DP) oraz 3617 żołnierzy. Stan garnizonu tworzył 2 i 4 pułk strzelców pieszych (po ok. 2 tys.), oddział ułanów (24), 2 drużyny artylerii (ok. 200), batalion weteranów, kompanie pociągowe i rzemieślnicze oraz 154 muzykantów. Z końcem XII 1830 sformowano szwadron  - "Krakusów". Trzy lata później stały już tylko 3 bataliony piechoty, rota saperów, artylerzyści i rzemieślnicy.
Po powstaniu Zamość stał się drugorzędną twierdzą, służąc głównie jako więzienie. Latem gdy piechota wychodziła do obozu, jazda brała udział w rewiach, pozostali w twierdzy żołnierze podzieleni na 3 grupy pełnili na zmianę służbę wartowniczą na murach i przy więźniach (trzecia grupa odpoczywała). Oprócz komendanta - pierwszej wówczas osoby w mieście - swoje kancelarie mieli dowódcy artylerii fortecznej, szpitala garnizonowego, cywilnej roty aresztanckiej, inwalidów oraz naczelnicy żandarmerii i inżynierii. Oficerowie kwaterowali także w Nowej Osadzie, nierzadko żenili się z zamościankami, nadawali ton życiu miasta. W 1863 stał tu sztab 8 DP, 1 i 4 rota 17 pułku archangiełogorodzkiego, obsługa artylerii, laboratorium i arsenału (800) i bataliony straży wewnętrznej. Razem z żandarmerią ponad 2 tys. Wojsko zajmowało w mieście liczne obiekty, wznoszono też nowe (Koszary).
W 1865 obok sztabu dywizji z 2 bat. 30 p.p. stacjonował także sztab 8 Bryg. Artylerii z 1 baterią. W związku z likwidacją twierdzy batalion forteczny przeniesiono do Dęblina, a batalion garnizonowy do Cytadeli Warszawskiej. Zostawiono tylko pół roty artyleryjskiej. Po kasacie twierdzy nadal był w Zamościu silny garnizon, ponadto magazyn prowiantu i szpital II klasy oraz cywilna rota aresztancka. Stacjonowały zmieniające się co pewien czas pułki piechoty (często dwa jednocześnie), w 1967-1914 kolejno 5 pułków piechoty, 3 kozackie, artyleryjski, ułański i grenadierski: Pułki rosyjskie w Zamościu), najdłużej 10 doński i 30 połtawski, jako ostatni 66 Butyrski. Przez 36 lat stacjonowali tu Kozacy dońscy łącznie z siedzibą sztabu dywizji (Kozacy Dońscy).
W 1867 garnizon liczył 915 stale i 1700 czasowo kwaterujących żołnierzy, 1883 - 1518 żołnierzy. W Zamościu urzędował powiat. naczelnik wojskowy i był magazyn aprowizacyjny. Od 1878 dowódcą garnizonu był Ostatnim dowódcą garnizonu był gen. Piotr Krasnow (wydał wspomnienia, m.in. o ostatnich dniach w Zamościu - Literatura światowa..., Powieściowy Zamość. Do wojska należały place ćwiczeń na Plantach, na Podgroblu (mały) i za stacją kolejową (duży).
Przed wybuchem I wojny świat. zamojskie jednostki wchodziły w skład XIV korpusu lubelskiego (2 dywizje piechoty, po 1 dywizji kawalerii i kozackiej), jednego z 5-ciu korpusów podległych III okręgowi warszawskiemu (w całej Rosji 13 okręgów).


 * 13 pułk piechoty w 1812 wchodził w skład 2 brygady, a ta stanowiła część 16 DP Księstwa Warszawskiego dowodzonej przez gen. J. Zajączka. Liczył 58 oficerów oraz 2487 podoficerów i szeregowców. 1 batalion tworzyli Francuzi, Włosi i Niemcy, najczęściej dezerterzy z armii francuskiej, chcąc zmazać winę   wstępowali do formowanego wojska polskiego, 2 bat. złożony głównie z Litwinów i 3 bat. z Galicjanami. Dowódcy: 1809-10 August Schneyder, 1810-11 Jakub Kęszycki, 1811-1815 Franciszek Żymirski.
 * Załoga fortecy iest bardzo mocna, bo teraz nawet, gdzie całe woysko stoi obozem, iest tutay rezerwa wszystkich pułków iazdy, wynosząca wraz z artyleryią do 2000 ludzi. Zamość nie jest dla towarzyskiego pożycia, gdzie się obrócić, widać tylko woyskowych, słychać nieustanny szczęk broni. Straże luzuią się ciągle, co chwila we dni i w nocy krążą patrole po mieście, to ruch nadaie miastu i czyni ie podobnem iedney wielkiey koszarze. ("Rozmaitości", 1825, nr 36)
 * 16 VI 1829 o 6.00 rano ćwiczenia 2 i 4 pułku przeprowadził sam cesarz Rosji.
  * Zabudowania wojskowe wg spisu dymów z 1846 - Pałac z 8 pawilionami zajęty na lazaret i kwatery sztabsofficerskie (49 kominów), 31. Zamojski ordynanshaus (4), 32. Dom inżynierny (4), 33. Dom po b. urzędzie pocztowym (5), 41. Koszar żandarmskie (2), 43. Dom na kwaterunek officerów (3), 44. Officerskie koszary (21), 49. Artylleryjska kuchnia (3), 51. Koszary artylleryi (7), 75. Koszary wojenno-robocze (11), 99. Kuchnia artyleryjska (2), 108. Koszary garnizonowe i kuchnia (3), 116. Kawaler nr 1 (9), 117. Kawaler nr 2 (9), 118. Brama lubelska (3), 119. Brama lwowska (6), 120. Brama szczebrzeska (3), 122. Budki pod wałami i dom na […] (16).
 * Garnizon w 1907:
 - sztaby 1 dońskiej dywizji, brygady artyler. dywizjonu,
 - 10 doński kozacki pułk, 7 bat. artyler. dywizjonu,
 - 68 p. p. Lejb-Borodiński,
 - urząd wojskowego powiat. naczelnika magazynu aprowizacyjnego.
 * Zamość z powieści Krasnowa - Zabłock małe miasteczko, założone w wieku XIII. pośród bagien i lasów Chełmszczyzny, wiąże się tu, jako zdobycz wojenna, ze wspomnieniami historycznemi i z aktualnością rosyjską. Albowiem kwateruje tu od dawnych czasów pułk kozacki pod wodzą Karpowa, który prowadził obozowe życie wyborowego pułku kozackiego z epoki przedwojennej.
Pułk na zewnątrz jaśnieje oryginalnym kolorytem kwaterunkowego życia oficerów kozackich, rozmawiających przyjaźnie z ładnemi  żydówkami, i żołnierzy, nie mogących przepuścić ani jednej soboty bez lekkiego pobicia żydów, w myśl zasady o świerzbieniu rąk
(P. Krasnow, Od dwugłowego orła...)
 * Wśród rosyjskich jednostek liniowych był 
60 zamosckij pułk.