Zadaniem fortecznego garnizonu utrzymywanego przez ordynata była obrona twierdzy oraz służba wartownicza, ale także czynności reprezentacyjne i wszelkie inne, gdyż żołnierze służyli również za posłańców, eskortę gości i transportów ordynackich, angażowani też byli do działań policyjnych (ściąganie podatków, ściganie przestępców). Garnizon odbywał musztry, regulaminy zachodnie.
Dowódca był zwykle w randze pułkownika, zastępca majorem. W 1594 garnizon liczył 120 żołnierzy (gł. piechota i dragoni), 20 strzelców i 2 puszkarzy obsługujących armaty, w 1607 - 32. Ulegał większym wahaniom, za II ordynata 150-200, ale w 1634 samej milicyi ordynackiey miało być 800, nie  licząc puszkarzy, za IV ordynata najwyższy - do 300, w 1704 - 260 (160 dragonów i 100 strzelców), 1715 - 170. W XVIII na ogół ponad 200, ale połowa w majątkach (wcześniej wszyscy na miejscu). Z XVIII pochodzi wzmianka o jeździe kapitańskiej (reprezentacyjnej?). W okresie wewnętrznych zagrożeń (1733-35) przejściowo skierowano do Zamościa batalion gwardii koronnej (ok 1 tys. żołnierz). W 2 p. XVIII w. na 240 załogi było 18 oficerów.
W I 1752 w skład garnizonu zw. "milicją ordynacką" wchodziła kompania grenadierska, muszkieterska i kapitańska (po 61), dragoni (30), artylerzyści (17) i husarzy (14). Ponadto na użytek Rzeczpospolitej utrzymywano ok. 200 dragonów (gospodarowali poza Zamościem na danych im gruntach i w razie potrzeby stawali z ekwipunkiem w garnizonie). Żołnierze nosili mundury błękitne, dobosze czerwone. Zażywali trzewików i kamaszów na wielką paradę białych, na pospolite używanie czarnych. W tym roku ordynat przystąpił do likwidacji dragonii polowej, najlepszych wcielając do wymienionych kompanii (teraz 225 ludzi), ponadto utworzył oddział strzelców (40).
Garnizon miał przy bramach 3 magazyny wojskowe i "laboratorium" do wytwarzania prochu. Przy garnizonie była orkiestra (1769 - 11 "kapelistów"). Oficerami byli szlachcice. Oprócz Polaków sporo było w garnizonie Węgrów (pamiętnikarz z przełomu XVII/XVIII w pisze o wojsku na zamku odzianym po węgiersku), trochę Niemców. Nowy ład i dyscyplinę w twierdzy na wzór zachodni wprowadził Tomasz Antoni Zamoyski (zatrudnił cudzoziemskich oficerów, okrył barwą załogę).
W 1768 załogę garnizonu tworzyła piechota (114), artylerzyści (18), lejbdragoni (27) i dragoni polowi (41). Garnizon ordynacki przestał istnieć po zajęciu miasta przez Austriaków w 1772, został rozbrojony i rozpuszczony do domów (małą tylko część zostawiono do parad i usług zamkowych).

 * W 1692 Jan III Sobieski do "operacji na Ukrainie" zażądał 200 zamojskich dragonów.
 * Garnizon w 1755:
Sztab - d-ca płk Jan Ludwik Wyszyński, d-ca artylerii mjr Jerzy de Kawe, mjr Czermiński,
piechota - kompania grenadierska d-ca kpt. Mieszyński, kompania muszkieterska d-ca kpt. Napiórkowski, kompania kapitańska d-ca Gypser (po 61 osób, w tym 50  żołnierzy),
oddział artylerii (17 osób, w tym 14 puszkarzy) d-ca por. Bohm
oddział dragonii nadwornej  (30 ludzi, w tym 24 żołnierzy)
oddział husarii nadwornej (14 ludzi, w tym 12 żołnierzy)
oddział strzelców (20, później 40 ludzi) wszystkich d-cą kpt. Czyżym.
Następcą Wyszyńskiego był Zajączek (ojciec namiestnika i gen. Józefa Zajączka), ostatnim komendantem płk Zieliński.
 * Komendant używał pieczęci przedstawiającej rycerza w hełmie i stroju rzymskim, wspierającego się prawą ręką na małej tarczy, na której w dolnej części był mur forteczny, w górnej herb Zamoyskich, w otoku "Pieczęć garnizonu Zamoyskiego 1752".