Położenie Zamościa na kuli ziemskiej (obliczone dla Rynku Wielkiego) określają współrzędne 50st.43'04'' szerokości płn., 23st.15'18'' długości wsch. geograficznej. Podobne położenie mają: Kijów, Bonn, Calgary, góra Śnieżka (szer.), Saloniki, Sofia, Tampere (dł.). Czas miejscowy w Zamościu wyprzedza czas strefowy o 33'01'' (Warszawa 24, a w Szczecinie opóźnia się o 1 h 45). Między obu krańcami miasta (8 km) różnica czasu lokalnego wynosi ok. 30 sek.
Wg 5-stopniowej typologii fizyczno-geograficznej Zamość leży w obszarze (platformie) Europa wschodnia (linia granicząca między Europą Wsch. i Zach. biegnie w tym miejscu od Rejowca w dół do Bełżca i wobec umowności podziału można mówić raczej o położeniu na pograniczu wschodniej i zachodniej Europy), w prowincji Płyta Czarnomorska (nazywana też Płaskowyżem Czarnomorskim), w podprowincji Wyżyna Wołyńska (wg niektórych ustaleń na skraju Wyżyny Lubelskiej), w makroregionie Wyżyna Zachodniowołyńska i jednym z 210 mezoregionów - Padole Zamojskim (nazywany też Kotliną Zamojską).
Zamość położony jest na lessowej terasie nadzalewowej nad opasującą miasto od płd. i zach. płytką, szeroką, bagnistą doliną Łabuńki. Od wsch. do miasta "wdziera się" jeden z garbów Padołu Zamojskiego (najwyższy punkt w Jatutowie - 243 m npm). U jego stóp rozciąga się lekko wyniesiona ponad doliną rzeczną, płaska równina, na której założone zostało miasto. Z czasem zabudowano łagodny skłon garbu. Od płn. przechodzi on jeszcze rozleglejszą równiną w dolinę nadrzeczną Czarnego Potoku.
Najwyżej położona część miasta znajduje się przy ul. Hrubieszowskiej. Po jej płd. stronie, w rejonie osiedla "Słoneczny Stok" oraz nieco dalej na wsch., już u granicy miasta, na obszarze kilkunastu hektarów wyniosłość przekracza 235 m (w pobliżu bloków nr 26 i 28 - ok. 236,5 m). Również od zach. Zamość opiera się o wyniesienie, które w granicach miasta, w wąskim klinie między wsią Płoskie i Hyża osiąga 226 m. Najniżej położone są tereny nad Łabuńką (między ul. Okrzei i płn. granicą miasta obniżenie schodzi miejscami poniżej 204 m) i nad Czarnym Potokiem. Łagodne ukształtowanie terenu sprawia, iż poza sztucznie usypanymi pozostałościami fortyfikacji, nie ma w Zamościu gwałtownych różnic poziomów. Do wyjątku należy położone w Lasku Komunalnym (od zalewu) małe wzniesienie o stromiźnie ok. 15 st.(1 km).

 * Rynek Wielki znajduje się na wysokości 216 m npm, Nowy Rynek - 226 m, Rotunda - 210 m, grodzisko na os. "Zamczysko" - 213 m, ul. Piłsudskiego w najwyższym punkcie (okolice "Sezamu") - 217 m, wiadukt przy ul. Peowiaków - 226 m, natomiast ulice na granicy z miastem: Szczebrzeska - 217 m, Lubelska - 210 m, Skierbieszowska - 207 m, Hrubieszowska - 224 m, Lwowska - 220 m i Lipska - 212 m.
!!! Teren Zamościa, zwłaszcza południowy, obok północnego Mazowsza "rosną" najszybciej w Polsce - 1,5 mm rocznie, obniża się Pomorze Zachodnie i dolina Odry.
 * Na południowo-wschodnich zboczach wzgórz Roztocza, patrzących hen w dal ku kresom Rzplitej, rozsiadł się hetmański gród Zamość, jako ten rycerz w wiernej służbie dla Ojczyzn, dla której szczęścia i sławy zawsze hardo stawiał czoło mnogim nawałnicom nieprzyjaciół. (M. Pieszko, 1924)