Na terenie Zamościa w 1983-85 odnotowano (poza drzewami - Zieleń miejska) 477 gatunków roślin naczyniowych zielnych.
Z roślin rodzimego pochodzenia - apofity, najwięcej występuje w środowisku:
łąkowym (107), powyżej 1 ha stwierdzono 12 gatunków traw, głównie z rodziny kostrzewiowych: wiechlina łąkowa i roczna, drżączka średnia, kopkówka pospolita, stokłosa miękka oraz koniczyna łąkowa, brodawnik jesienny i krwawnik pospolity,
zaroślowym (68), pow. 1 ha jastrzębiec owłosiony,
nadwodnym (48), pow. 1 ha komosa biała zw. lebiodą i jaskier rozłogowy,
leśnym (33),
piaszczystym (25), pow. 1 ha rdest ptasi,
polnym (9),
wydmowym (6),
solniskowym (2).
Wśród roślin
przybyłych w czasach przedhistorycznych - archeofity (101 gat.) pow. 1 ha występuje wyka czteronasienna i drobnokwiatowa, gwiazdnica pospolita, gorczyca polna, cykoria podróżnik, miotła zbożowa, chwastnica jednostronna oraz włośnica sina i zielona,
przybyłych po XVI w. - epekofity (38) żółtnica drobnokwiatowa i owłosiona oraz miłka drobna.
Występują jeszcze rośliny obce - ergazjofity, często d. uprawne i zdziczałe (31) - najwięcej bylicy polnej ok. 1a. i przejściowo występujące - efemerofity (5 - przy młynach, dworcach).
Ponad 30 roślin zalicza się do rzadszych, a 9 do roślin rzadkich. W 2015 unicestwiono pierwszy w Zamościu egzemplarz barszczu Sosnowskiego (ul. Miłosza).
W 1929 powstało przy Seminarium Żeńskim Koło Miłośników Flory, a w 1930 przy Zamojskim Związku Ogrodniczym, podległe Lidze Ochrony Przyrody. Największy w regionie zbiór storczyków (ok. 600) i kaktusów (ponad 2 tys., najstarszy ponad 40 lat) posiada Maria Garbuz. W 1998 w muzeum wystawa "Zielnik ludowy" zorganizowana przez Martę Brzuskowską. (red.). Też osobne hasło: Botaniczne ogrody