W 1773 strzegł szlachtuza dziki wilk na długim łańcuchu w obroży z kołkiem (?), który i tak zerwał się z uwięzi, kalecząc chłopca. Udręką zamościan były owady lęgnące się w wielkich stawach otaczających twierdzę. W 1785 przeszedł Zamość inwazję szczurów i myszy, wobec czego magistrat surowo zakazał trzymania kotów na uwięzi. Po zburzonej twierdzy pozostały też gromady szczurów. W l. międzywojennych nadal uciążliwe były karaluchy, szczury, ale i psy. Prawdopodobnie podczas oblężenia przepadł szkolny gabinet ponad 20 sztuk wypchanych zwierząt "ssących" i ptaków. W 1919 powstał Szkolny Ogród Przyrodniczy (ZOO).
Jeszcze po wojnie w całym Zamościu słychać było wieczorem żaby z sadzawki przy ul. Brzozowej (d. ul. Żabia). W poł. l. 50. bardzo bogato prezentowała się naturalnie występująca fauna miejska. Na rozlewiskach nieuregulowanej Łabuńki napotkać można było nawet suma, szczupaka, a bardzo rzadko i węgorza, gnieździło się ptactwo wodne, przelotnie spotkać można było nawet żurawia i czaplę, jak również żółwie błotne, traszki, raki. W okolicach strzelnicy napotykano jaszczurki, zaskrońce, a nawet rzadkie salamandry. Na Plantach miały swoje siedlisko susły perełkowane, w Kaczych Dołach żyły jaskółki brzegówki, roje trzmieli i os, żerowały stada rzadkich teraz wron siwych.
Własną faunę posiada Lasek Komunalny. W całym mieście występuje jeż zachodnioeuropejski i mysz domowa, na peryferiach zając szarak, ryjówka aksamitna, kret, nornica ruda, nornik zwyczajny, mysz polna. W wodach na terenie miasta występuje płoć pospolita, słonecznica, ukleja, leszcz, karaś, karp, okoń, jazgarz.
Swoją faunę posiadał park, z największą niegdyś atrakcją - fokami (Park miejski). Na cmentarzu w 2021 stwierdzono 37 gatunków ptaków (w większości objętych ścisłą ochroną) zob. Cmentarz parafialny - flora i fauna. W 1970 jesienią w parku pojawiły się wielkie stada kaczek krzyżówek. Lata 60. to również wielbłąd na ulicach - propagujący czystość, "uczestniczący" w pochodach 1-majowych.
W poł. l. 80. dokuczliwie zaznaczała się obecność gawronów (m.in. za pałacem, ob. koszary), bezpańskich psów i "naloty" stonki na Rynek Wielki. Natomiast sympatycznymi mieszkańcami rynkowych kamieniczek były w l. 80. jerzyki, szczególnie widoczne i słyszane późnym latem, a od pocz. l. 90. gołębie w Rynku. Od 1988 wczesną wiosną przez wiele lat pojawiały się w mieście rybitwy. Wspominając budowane osiedle Zamoyskiego, obok potężnego błota zapamiętano mnóstwo żab. W VI 1990 zawędrował w okolice dworca PKS łoś (wpadł na siatkę i zginął), w 1998 do POM-u, a w IX 2016 zabłąkał się łoś przy szpitalu papieskim. 7 III 1993 zatrzymano kłusowników przy ul. Granicznej strzelających z wiatrówki do kuropatw.
Z końcem l. 90., nawet w 2001 lisy z nad zalewu zaobserwowano na Starówce (park, okolice arsenału, nawet przebiegającego skrzyżowanie ul. Piłsudskiego i Peowiaków). Kilkanaście lat później coraz śmielej i liczniej pojawiają się przy śmietnikach, zwłaszcza w północno-wschodniej części miasta, nawet przy ul. Kamiennej. 3 dorosłe osobniki w 2017 zamieszkują koszary.
Od 2008 na Topornicy w okolicach Zamczyska widywane są ślady działalności bobrów (2016 szkody przy ul. Społecznej i Fredry), a zabłąkaną wydrę schwytano przy ...WSZiA. Od 2010 w okolicach Janowic i OSiR pojawiał się okazały daniel, po roku schwytany na os. Orzeszkowej. W 2013 rankiem 15 V aż do komisu samochodowego przy ul. Partyzantów zapędził się młody koziołek sarny (już trzeci tego roku), kolejny przy ul. Świerkowej w 2016, a na osiedla zabłąkiwały się bóbr i borsuk. Na os. Kilińskiego-Kamienna, w sąsiedztwie Koszar pojawiają się lisy (2017).
Będące pół wieku temu na wyginięciu bobry (do kilkuset) stały się dokuczliwe na os. Karolówka (spiętrzenia zalewają posesje), Zamczysko, Promyk, wzdłuż zalewu, między ul. Fredry i Milosza, skarżą się na nich działkowicze (zalewanie ogrodów) między Łabuńką i ul. Lipską (teren chroniony). W 2020 rozbierano 12 razy tamy.
Podobnie jak w ub. wieku gdy gmach kościoła pofranciszkańskiego upodobał sobie, pełniąc, jakby straż tego zabytku przeszłości, obojętny na wszelką wrzawę i częste wystrzały armatnie, witany z radością na wiosnę, gnieżdżący się, przekazujący potomstwo - bocian - przy końcu l. 90. nadal mieszkał w mieście - na Podgroblu, 300 m od ratuszowej wieży oraz na Karolówce, od 2016 na siedzibie klubu "Kosz" . W 2009 osiadł w Zamościu (komin PEC i ZM) rzadki sokół wędrowny. W 2016 przystąpiono do odławiania w zalewie agresywnych żółwi jaszczurowatych (sprowadzane niegdyś z Ameryki Płn. jako ozdobne, teraz zaaklimatyzowane, stały się drapieżnikami inwazyjnymi). W 2017 zaobserwowano na jednym z osiedli ściśle chronioną modliszkę. Przy ul. Legionów pojawiają się stada nawet kilkunastu saren ("Kronika Tygodnia" 2021). 7 VII 2021 na wieży ratusza umieszczono 4 młode sokoły wędrowne.
Przed wojną mieszkał tu zamiłowany entomolog sędzia Ostromęcki. Obecnie najcenniejszą w regionie kolekcję papug posiadają M. i G. Garbuzowie. Od 1993 przy ul. Żdanowskiej Krzysztof Niedzielski (pochodzi spod Płocka) hoduje blisko 200 ptaków - w 2003 ok. 60 gołębi, 30 papug, 50 kanarków, 6 ras kur ozdobnych, kaczki, bażant.
W 1991 zawiązała się zamojska grupa ornitologów, skupiająca ok. 20 osób: w tym z Zamościa Przemysław Stachyra, Tomasz Kobylas, Daniel Boruchalski, Paweł Mazurek, Tomasz Kuc, Iwona Bakowska i Małgorzata Miazga oraz z Tomaszowa i Zwierzyńca (prezes Wiaczesław Michalczuk). Od 1996 ornitolog pasjonat P. Stachyra jest pierwszym na Lubelszczyźnie uczestnikiem ONZ-towskiego programu ochrony żołny.
W 1992 w Zamościu odbył się pokaz żywych rekinów z ich brazylijską treserką, w 1996 spacerowała po Plantach cyrkowa słonica "Sumatra". W Arsenale  oglądać można było w 1997 tarantule i skorpiony, m.in. czarną wdowę i pająka ptasznika, a w Muzeum w 1998 najgroźniejsze węże świata (żywe), m.in. mambę zieloną, pytona tygrysiego, kobrę, anakondę, grzechotnika, węża  mangowego.
Fauna widoczna jest w sztuce (rzeźby Nosorożca i dzika, na kamieniczkach lwy, małpy), figuruje też w nazwach firm (np. Chłodnia "Mors"). Przy ul. Piłsudskiego 25 stała do ok. 1990 kamienica "pod sowami".


 * W 1932 w gimnazjum wystawiał jedyny o takiej skali w Polsce zbiór motyli i owadów  sędzia Antoni Xiężopolski z Żytomierza. W 1934 gościła w Zamościu wystawa motyli i owadów (krajowych 15 tys., egzot. 10 tys., własnoręcznie zebranych w Paranie przez Michalinę Isaakową z Zawiercia) a także wyrobów indiańskich, skór brazylijskich węży, jaguara, mrówkojada, czaszek, mumii ptaków argentyńskich.
 * Ze szkolnych wspomnień Urszuli Kozioł - zaraz za śluzą przy elektrowni były podmokłe łąki pełne czajek, ważek, żab, traszek i modraszków.
 * Historia z łosiem. Samica łosia zabłądziła w okolice POM w sobotę 6 VI 1998, wystraszona przez hałasujące dzieci lub psy przeskoczyła prawie dwumetrowe ogrodzenie i ukryła się w krzakach przy kotłowni. Przegonienie skończyło się ranami pracownika i łosia. Klempa nie chciała jeść, opadała z sił i dostała od weterynarza zastrzyki wzmacniające. We wtorek z pomocą żołnierzy załadowano ją do klatki, polewana co pewien czas wodą, po godzinie znalazła się w lesie. Nawet się nie obejrzała.
 * Piotr Łachno ze schroniska - Kilka lat temu na Orzeszkowej znalazłem dwumetrowego boa dusiciela (łapałem go dwukrotnie), szukałem węży zbożowych, które uciekły właścicielowi z kamienicy na Pl. Stefanidesa.
 * W 2012-2018  w Urzędzie Miasta zarejestrowano m.in. 5 pytonów tygrysich, pytona dywanowego, legwana zielonego, 2 kameleony jemeńskie, 6 modrolotek żółtoczapkowych, 4 świergotki seledynowe, 5 żab drzewołazów2 kakadu salomońskie, kilkanaście papug. (za "Tygodnikiem Zamojskim")