Należała do najdłużej czynnych staropolskich warsztatów typograficznych (ustępowała tylko oficynie toruńskiej). Od Zamościa, a wraz z nim Kalisza i Torunia, większe ośrodki drukarstwa czynne były tylko w Krakowie, Gdańsku oraz Wilnie, Lwowie, Poznaniu i Warszawie.
Utworzona przez Jana Zamoyskiego przywilejem królewskim z 1590. Tego roku odnotowano wydatek z kasy ordynackiej na drukarza do Zamościa sprowadzonego. Z 1591 zachował się druk w Zamościu, w drukarni Mikołaja Szarfenbergera odbity. Właściwa drukarnia zorganizowano jednak dopiero z końcem 1593 staraniem Szymona Szymonowica, przez drukarza Szarfenberga i jego drukarczyka czeladnika Jarosza.
Za pierwszy druk oficyny przyjmuje się odezwę z 5 IV 1594 obwieszczającą powstanie Akademii. Drukarnia powstała na mocy bulli papieża Klemensa VIII z 29 X 1594, oraz przywileju królewskiego z 6 VI 1597, zakazujących m.in. przedruku ksiąg zamojskich na przeciąg 10 lat (Lwów i Warszawa nie miały wtedy stałej drukarni). Bogaty zasób pięknych pism łacińskich, greckich i polskich odlano w Krakowie wg projektu najwybitniejszego wtedy drukarza polskiego Jana Januszowskiego, służącego później przez lata radą i pomocą.
W warsztacie (pocz. przy pałacu) pracowało nierzadko i 5 osób (drukarz i kilku drukarczyków, a także pomocnik do palenia sadzy). Sygnet drukarni wyobrażał mitycznego rycerza Bellerofonta z włócznią i tarczą (herb Akademii) na Pegazie w skoku. Razem mieli symbolizować męstwo i mądrość, kojarzone jako walka z ciemnotą. Znanych było pięć odmian sygnetu (od 47 do 107 mm średnicy). Na wyposażeniu były czcionki w 21 kompletach, najwięcej antykwy i kursywy łacińskiej, a także rzadziej używana "polszczyzna" (też prosta i pochyła), "szwabacha" i "greka" (wyszło 5 druków greckich). Zamoyski czynił również starania o pismo "ruskie".
Do Zamościa przybył Marcin Łęski, z którym wiąże się najwspanialszy okres dziejów drukarni. Na dobre ruszyła z końcem 1596. Ścisły nadzór sprawował nad nią Jan Zamoyski (osobiście kontrolował czystość i poprawność językową i treściową, wnikał w szczegóły techniczne i kolportażowe) oraz Szymonowic, po którym zarządcą drukarni został Adam Burski. Testamentem Jan Zamoyski zapisał drukarnię Akademii. Na pierwszy plan wysunięto prace edytorsko-naukowe, głównie z zakresu filologii klasycznej i średniowiecznej będące przedmiotem dumy i zarazem legitymizacją scientyficzną Akademii. Drugim tematem wydawniczym miały być teksty dot. ustawodawstwa i postępowania sądowego, kolejnym podręczniki oraz prace służące pogłębianiu kultury umysłowej. W każdym z tych tematów doszło jedynie do nielicznych realizacji wydawniczych, skutkiem zawczesnej śmieci Kanclerza i stopniowego odejścia od nakreślonego przez niego programu wydawniczego.
W ciągu pierwszego ćwierćwiecza powstawało przec. 40 arkuszy rocznie (najwięcej przypada na wydawnictwa, które ukazały się w 1602 - 276,5). Okres świetności skończył  się w 1627 wraz z pożarem niezlokalizowanej dokładnie drukarni (być może mieściła się w pałacu). Gdy po kilku latach wznowiła działalność (po przerwie druk z 1634, jej odnowieniem zajął się Andrzej Lob, ordynat przeznaczył 500 zł), obniża się jej ranga, zostaje wchłonięta przez Akademię. Na kartach tytułowych zamiast nazwiska z zaszczytną funkcją drukarz Akademii, widnieje odtąd poza wyjątkami anonimowe w drukarni Akademickiej, bądź drukowano w Akademii. W 1648 oficyna przeniosła się do nowego gmachu akademickiego (cztery połączone amfiladowo pomieszczenia na parterze we wsch. skrzydle 130 m2).
Spośród kilkunastu raczej przeciętnych typografów na uwagę zasługuje następca Łęskiego krakowski i wileński drukarz Krzysztof Wolbramczyk (w 1617-18 - 13 druków, także greckich). Ponad 60 druków miał w dorobku Szymon Niziołkiewicz podpisywany też jako Nizolius (1619-27). Najdłużej pracował Andrzej Jastrzębski (1637-61). Na równych prawach tłoczyli w tym czasie, samodzielnie firmując druki jego "towarzysze" - Aleksander Pawłowicz (1639-40) i Jan Sułajewski (1639-40), Maksym Sawicz (1643-44), Paweł Radycki (1644-46), Wilhelm Krokoczyński (1657-48). W 1668 zaprzestano firmowania publikacji sygnetem drukarni. Do gruntownego odnowienia zasobów typograficznych dochodzi z końcem XVII w. (giser Andrzej Rudnicki), m.in. za sprawą Jana Rutowskiego (przelano zużyte pisma, jednak ich wybór ulega znacznemu ograniczeniu). Do kolejnego odlewania czcionek doszło w 1740. Następcą Rutowskiego został Maciej Nekowicz, ostatni drukarz, którego nazwisko widnieje na kartach tytułowych. z początkiem XVIII w. nieźle prosperująca drukarnia milknie na kilka lat zupełnie.
W poł. XVIII w. dochodzi do reformy organizacyjnej drukarni. Od 1747 zarządzają nią wybrani spośród profesorów prefekci (pierwszym prof. Podziomkiewicz). Przez kilkanaście lat na części wydawnictw widnieje - "Drukarnia zamojska Bł. Jana Kantego". Dochodzi do polepszenia sytuacji materialnej oficyny, która przynosi kilkaset florenów dochodu rocznie (w roku likwidacji 1024 fl.). Ostatnim typografem pracującym dla Akademii przed jej kasatą w 1784 był Michał Kamieński, a opiekunem Walenty Tepper.
W 1788 zinwentaryzowano majątek opuszczonej drukarni, a także giserni i introligatorni. Z 6 pras do użytku nadawały się dwie (drukarska i introligatorska, częściowo także prasa do tłoczenia ilustracji). Wykazano też 8 pism kompletnych oraz wiele pięknych i dobrych pism zdekompletowanych. Zalegało również zaleganie kilkaset niechodliwych książek (m.in. Statutów z 1602). W 1804 odnotowano m.in. 379  egzemplarzy Nauki o jubileuszu i odpustach z 1776 i wiele egzemplarzy Nauki Katechizmowej (nie sprzedanej, bo nastąpiły zmiany w katechizmie). W pomieszczeniach były powybijane okna, wilgoć.
Następnego roku wznowiono działalność, a w 1802 za sprawą ordynata odnowiono drukarnię (zarząd przejęła ordynacja), nadając jej nowoczesny, oświeceniowy charakter, który znalazł odzwierciedlenie także w przejrzystym, prawie współczesnym druku i formie zewnętrznej wydawnictw. Drukarnia zatrudniała 4 osoby o stałych wynagrodzeniach. Ostatnim jej zarządcą był Jan Karol Pruski (zm. 1823). W 1812 wobec nadchodzącego oblężenia drukarnię zlikwidowano, a jej wyposażenie będące własnością ordynata zabrano do Zwierzyńca, gdzie funkcjonowała jeszcze do l. 60. XIX w. W 1994 wydawnictw Drukarni ze zbiorów Muzeum prezebtowano na wystawie w 1994.
Drukarnia Akademicka - wydawnictwa
Drukarnia Akademicka - panegiryki
Drukarnia Akademicka - ryciny


 * Znana jest specyfikacja kosztów druku jednego z dzieł z końca XVI w.: 260 zł drukarz, 450 drukarczyków od 1 do 5, 156 Skrzyczkowski [?], 2 zł 10 gr pomocnik palący sadze, 1 zł 20 gr posłaniec do Lublina (robocizna łącznie 87% całości), drewno 38 zł 10 gr, 18 zł 10 gr świece, 14 zł 20 gr olej, 48 zł papier, 12 zł skóra irchowa, 20 gr inne (materiały łącznie 13%)
 * W roku 1683/4 drukarnia przyniosła przychodu 330 fl. 24 gr, przy rozchodzie 132 fl. 24 gr i mimo stosunkowo w tym roku dużego dochodu, drukarze narzekali wówczas na trudności z utrzymaniem się (Nekowicz w 1700 zwracał się do Akademii o zapomogę w wysokości 200 zł).
 * W 1911 w wywodzie popularyzatorskim o Zamościu, za liczbą nazwisk zamojskich drukarzy  znaleźć można taki "wyrzut" - o 13 zamojskich drukarniach nie pamięta się!