Pierwszym znanym z nazwiska aptekarzem zamojskim był Czarnołuski (1591). Zachowała się też wzmianka z 1593 o Michale Brewerze (Żyd, J. Zamoyski darował mu w 1600 dom przy ul. Lwowskiej), będącym rajcą. Być może istniała apteka zamkowa. W 1598 Jan Zamoyski wysłał po nauki Andrzeja Morawickiego, który praktykował w Padwie u słynnego Herkulana w aptece "Pod Trzema Gwiazdami".
Na pocz. XVII w. wymieniany był Szymon Częstopiańczyk (apteka w Rynku). Ok. 1616 we własnej, nowej kamienicy (Rynek Wielki 2) miał aptekę Szymon Piechowicz (osobne hasło). Była to czynna do dzisiaj apteka "Rektorska". Wkrótce powstała też obok (Rynek 8) apteka Tomasza Puzdrowskiego (do 1638), którą po kilkunastoletniej przerwie dalej prowadził Jan Paprocki (do 1669). W 1630 powstała apteka Bartłomieja Lipowskiego (jego ojciec Wojciech był też aptekarzem mieszkającym na przedmieściu lwowskim, zm. 1638), która jednakże istniała tylko przez ponad 10 lat (ul. Staszica 15), a w 1638 apteka Wojciecha Grabowicza, którą po nim prowadził w 1650-66 syn Jan (Rynek 6). Nie zlokalizowaną bliżej aptekę miał też  w l. 40 i 50. XVII w. Marcin Kozłowski. Ok. 1640 istniały w Zamościu aż 4 jednocześnie. W l. 70-80. XVII w. znany był również żydowski aptekarz Hersz Samsonowicz.
Aptekarze zaliczali się do zamożniejszych mieszkańców miasta. Do najbogatszych należeli J. Paprocki (właściciel 3 folwarków), W. Grabowicz (obaj byli burmistrzami) i B. Lipowski, po którym zachował się szczegółowy inwentarz 180 leków. U Puzdrowskiego spis wykazywał 420 różnych puszek, 119 szkatuł, 48 naczyń, 29 konewek, ponadto stół apteczny ze szkatułami, ława do tłoczków, koło żelazne do robienia świec, moździerze, kotły, patelnie, wagi. W aptece oprócz medykamentów sprzedawano artykuły cukiernicze (np. marcepan) i kolonialne, wódki, świece, trociczki. U Lipowskiego Znalazły się też książki farmaceutyczne i zielarskie. Wzmiankowany jest aptekarz Maciej Plichta (spis towarów w jego sklepie korzennym z 1654).
Pod k. XVII w. powstała apteka Piotra Reynebergera (ul. Staszica 17), później dziedziczona do poł. XVIII w. przez syna Ambrożego. Była jeszcze apteka Jana Ślaskiego, mieszkał też tutaj ewangelicki aptekarz Andrzej Lössig. W 1755 była już tylko jedna apteka ("Rektorska"), w której bardzo drogo leki sprzedawano (1773). W 1787-1812 własną aptekę prowadziły Szarytki. W 1831 funkcjonowała dla potrzeb oblężonych apteka Jana Prusinowskiego, później kpt. Konstantego Ochockiego. Wykazywano także aptekę wojskową i żydowską (przy szpitalach, ta druga z przerwami działała do pożaru szpitala). Faktycznie jednak funkcjonowała tylko jedna, ogólnodostępna apteka prywatna.
W 1869 powstała druga - apteka nowomiejska, od 1960 czynna pod nowym adresem przy ul. Mikołaja Reja do dzisiaj. W 1887 powstała apteka przy nowym szpitalu. W 1893 obok 2 aptek wymieniane były 2 składy apteczne. W 1905 apteka Kłossowskich realizowała 7018 recept, podmiejska - 2481. Wg księgi adresowej z 1904 apteki prowadził Kłossowski i Stefan Biernawski. W 1922 powstała trzecia w mieście apteka "Centralna".
W 1939 otwarto aptekę w nowej kamienicy przy ul. Piłsudskiego 6 - Apteka Rymgayłłów, którą prowadzili Bolesław i Helena Rymgayłłowie (osobne hasła), do upaństwowienia w 1951 kierownictwo apteki powierzono Tadeuszowi Tomaszewskiemu (B. Rymgayłło został kier. apteki w Rynku Wielkim 2). Czynna była w tym miejscu niespełna 3/4 wieku. W 1948 powstała piąta apteka w gmachu Ubezpieczalni - Apteka przy ul. Orlicz-Dreszera.
15 XI 1951 wszystkie apteki upaństwowiono. Otrzymały nr 105 (ul. Partyzantów), nr 106 (ul. Staszica), nr 107 (Rynek Wielki), nr 108 (ul. Piłsudskiego) oraz nr 118 (ul. Orlicz-Dreszera). Zostały przyjęte przez Lubelski Zarząd Aptek, późniejszy "Cefarm". W Zamościu mieścił się oddział Lubelskiego Przedsięb. Aptek, który zasięgiem obejmował 5 powiatów (ok. 200 prac.), zlikwid. 31 XII 1955. W 1956 w 4 aptekach dziennie obsługiwano 1800 klientów, a w mieście było 25 farmaceutów i 6 techników aptecznych. W 1961 w aptekach pracowały 52 osoby (w tym 47 kobiet), 1965 - 48 personelu, w tym 28 farmaceutów, których dyplomowanych 22. Personel w 1970 - 51.
Na czas renowacji zamknięto aptekę w Rynku Wielkim 2. W 1971-2013 czynna była przy ul. Grodzkiej 11, początkowo zastępczo, szósta apteka (pierwszym kierownikiem był Władysław Romanowicz, potem Zdzisław Klimkiewicz (1922-1993) i Jolanta Krawczyk). W 1977 z renowacją przestała istnieć apteka "Centralna". Nie doszło do ulokowania projektowanej apteki przy ul. Zamenhofa.
W 1977-87 przy ul. Piłsudskiego (po sąsiedzku z już istniejącą) czynna była również apteka leków gotowych. W 1981 powstała siódma apteka publiczna ("Metalplast", ul. Kilińskiego 86), a łącznie w 1982 pracowały w aptekach 82 osoby. W l. 80. czynna była apteka leków zagranicznych (ul. Staszica 17, potem Rynek Wielki 8, w 1991-94 w szpitalu). 3 XI 1987 przy ul. Piłsudskiego 31 otwarto Aptekę Wojewódzką (jej kierownikiem został Janusz Wysłocki), zlikwidowana w 2013. Od okupacji była w Zamościu apteka szpitalna (osobne hasło: Apteki szpitalne).
Oprócz wymienionych już, w okresie PRL działały także apteki resortowe MON (kierownicy: Stefaniuk, J. Sidor, E. Krawczyk, R. Czajkowski, K. Bogdański, M. Grzegorczyk); MSW (kierownicy: D. Szuper, W. Dziubiński ), PKP (kierownicy: M. Podolak, A. Klaudel, R. Czajkowski).
Prywatyzacja aptek spowodowała powołanie w 1992 Wojewódzkiego Inspektora Farmaceutycznego (mgr farm. Ewa Dąbska).
25 VII 1990 przy ul. Wiejskiej 17 powstała pierwsza apteka prywatna (f-ma IBC, kier. Maria Osuch, od 1992 właścicielem i kierownikiem A. Mosiądz). Z końcem 1991 było 5 aptek "Cefarmu" (Rynek Wielki, ul. Grodzka 11, Piłsudskiego 31, Orlicz-Dreszera, Reja 13a) i już 6 prywatnych: A. Futyma - ul. Topolowa (zlikwidowana 1993). B. Skwaryło, później B. Bogusz - ul. Jordana 34 (zlikwid. 1992), B. Niemczyk - ul. Piłsudskiego 6 (zlikw. 2014), E. Grzegorczyk - "Na Karolówce" ul. Prusa 2a, P. Główka - ul. Młodzieżowa 6 (zlikwid. 2011), M. Osuch - Nowy Rynek 4.
W 1992 w mieście było 13 aptek (najwięcej na Przedm. Lubelskim 4). W 1995 - 21 (w tym 16 pryw.) i 68 farmaceutów (43), k. 1997 - 26 (w tym pryw. 21), VII 1998 - 32 aptek (w tym 26 pryw.) i 73 farmaceutów (50). Tego roku Zamość pod względem liczby aptek (na 1000 ludności) ustępował tylko trzem miastom w Polsce! W 2000 - 36 aptek (aż 7 przy ul. Partyzantów i jej pobliżu), 2002 - 38.
Powrócono do tradycji nazw i obok "Rektorskiej" powstała apteka "Pod Winoroślą" (zlikwid. 2013), "Słoneczna", "Rumiankowa", "W Serbinowie", "Familijna" (zlikwid. 2011), "Rodzinna" (zlikwid. 2011), "Twoja", "Panaceum", "Remedium", "Przy Rynku", "Przy Lipskiej", "Przy Twierdzy" (zlikwid. 2013), "Przy Grodzkiej 2", "Na Karolówce", "Na Ciepłej", "Violetta" (ul. Szwedzka, od 1998), "Na Śląskiej", "Papieska", "Zamojska", "Hetmańska", "W Hetmanie", "Nova", "Vitamed", "Centrum", "MEDIQ".
Apteka "Zamojska" znajduje się ...we Wrocławiu przy ul. Ślężnej (prowadzi ją ekszamościanin Zdzisław Hałon). W l. 90. była również Hurtownia Leków "Eskulap" (ul. Radziecka 17a).
Na koniec 2009 - w Zamościu było 50 aptek otwartych, w tym dalej 5 "Cefarmu", a dwie tego samego właściciela, tylko 24 właścicieli posiadało wykształcenie farmaceutyczne. W pobliżu ulicy wlotowej z Lublina - 17 aptek,  wylotowej na Tomaszów Lub. - 12, po kilka niedaleko szpitali oraz na osiedlach w pobliżu przychodni lub gabinetów lekarskich). Począwszy od 2010 liczba aptek sukcesywnie się zmniejsza i w 2014 było tylko 38.
Oprócz wymienionych już farmaceutów wymienić należy także kpt. Konstantego Ochockiego (szpital wojskowy) i pracującego przez wiele lat w aptece szpitalnej Edwarda Emeryka (1925-1977), a także nie posiadającą wykształcenia fachowego, przez pół wieku pracującą przy ul. Staszica Bronisławę Białłową (osobne hasło). Osobne hasło: Apteczne składy.

 *Ogłoszenie Piotra Osińskiego z 1875 o nabyciu w Zamościu od T. Kaczorowskiego apteki - mam zaszczyt zawiadomić pp. doktorów i mieszkańców, że zaopatrzyłem ją we wszelkie środki lekarskie, tak krajowe jak i zagraniczne.
 * Zatrudnienie w aptekach (1969): ul. Reja - 8, ul. Staszica - 14, Rynek Wielki - 13, ul. Partyzantów - 12, ul. Lubelska - 9
 * W planach wyborczych z pocz. l. 60. było zorganizowanie przez grupę farmaceutów Spółdzielni Farmaceutyczno-Chemicznej, w 1961 była już nawet aprobata z Warszawy.