Wyznaczony w 1746 przez papieża wizytator bp Jerzy Laskarys, mimo oporu Kapituły dokonał częściowej reformy Akademii. Rozpoczął się powolny okres dźwigania z upadku. Przybyło studentów. Większe zainteresowanie uczelnią zaczęła też przejawiać Kapituła. Oprócz reorganizacji struktury wydziałów i katedr, wydano szereg wewnętrznych zarządzeń i przepisów porządkowych usprawniających pracę Akademii. Ustalono zakresy kompetencji władz uczelni. Zniesiono zastępstwa, doszło nawet do usuwania zaniedbujących się profesorów (egzekwowano też kary pieniężne). Z samej Akademii wyszła m.in. uchwała zaostrzająca wymagania wobec profesorów (1761). Na właściwym poziomie stało prawo, studiowane tu jako umiejętność praktyczna. Generalnie jednak w dobie Oświecenia była Akademia tworem anachronicznym, jeśli nie o tendencjach wstecznych, to na pewno minimalistycznych. Nie zaprzestała kosztownej walki z jezuitami lwowskimi, której wątpliwym plonem były liczne druki polemiczne (w 1764 Sejm potwierdził wszystkie przywileje Akademii).
Końcowa faza istnienia zamojskiej szkoły była czasem względnej równowagi wewnętrznej, większej troski o poziom nauczania i byt materialny. Akademia spotkała się z obojętnością zaborczych władz austriackich. Rozczarowała profesorów postawa Andrzeja Zamoyskiego nie szczędzącego Akademii licznych wyrzutów. Mimo niepewnego losu jeszcze w 1780 było tu ok. 400 słuchaczy. W obliczu jednak rychłego końca, tak uczniowie jak i profesorowie zaczęli opuszczać Zamość. Uczelnia została zamknięta z 1 IX 1784 na mocy decyzji Nadwornej Kancelarii Wiedeńskiej. Nie znany jest inny akt zniesienia Akademii. Wyszło jeszcze rozporządzenie o egzaminach dla profesorów w celu uzyskania prawa nauczania w innych szkołach pod berłem austriackim.
19 VII 1784 odbyło się ostatnie zgromadzenie profesorów. We wrześniu w gmachu czynne już było Liceum Cesarsko-Królewskie, nazwane później Szkołą Wojewódzką. Dokładnie w 190 lat po wydaniu bulli papieskiej, 29 X 1784 rozpoczęto spis likwidacyjny. Dzieje Akademii Zamojskiej 1594-1648, 1648-1746

 !!! W Akademii nie uczono historii polskiej, pewnie jej sami profesorowie nie umieli, a sędziwi kanonicy tak byli niedbali czy obojętni, że o życiu fundatora ich dobrego bytu przed uczniami nie wspominali (K. Koźmian)